袁世凯的历史走到尾声了，他毫无问题是一个枭雄，是政治能手，而他的致命缺点是不肯以诚待人，不肯轻信于人。他出身本是一无凭借，他的崛起，当然是由于他的才智，于是他由庙堂柱石一跃而为民国总统，由民国总统又变为洪宪皇帝，再由洪宪皇帝腼颜回任民国总统，李宗吾的《厚黑学》以形容袁，实在再恰当也没有了。他任事躬亲，集中权力，他明知皇帝不可为而又愿为皇帝，是由于他不喜欢总统受制于国会以及责任内阁削减了总统权力，以为皇帝可以免去这些困惑。
自云南倡义后，他更不放心，遇事躬亲，不幸的是，他已没有当年得心应手的好运，如今全是不如意事，今日接一个独立电，明天接一个劝退电，国贼之名不绝于口；他的老友、部下、学生，甚至亲戚，都指名呼姓地痛骂他。虽然他表面镇静，可是内心的苦恼已臻极点，尤其是陈宦5月22日“与袁个人断绝关系”的来电，更对他是致命打击。他明于责人，昧于责己，他以权诈取天下，当然要失败的。他的御人术，第一是金钱收买，第二是宠以官爵，第三是武力镇压。这三点有时而穷，穷途末路时，以为别人对不起他，其实他从来就不以诚待人。
袁身体素健，平日食量也很大，尤其是喜啖河南烤鸭，每天晚上睡觉前要饮参茸酒一杯。旧中国的士大夫总要摆出一副倚老卖老的姿态，袁也一样，50岁以后见客时就要人搀扶，别人叫他老头子，他则常把“吾老矣”、“衰朽之年”一类的话挂在口头边。民国5年他不过58岁，不应该有骤死的可能，也许他平日过分养尊处优，少于运动，加上妻妾过多，房事消耗，所吃的都是大补大热药品，过分的刺激和打击遂使他一病不起。他害的是什么病，言人人殊，袁死后《政府公报》说是尿毒。当病危时，中西药杂投，罗瞎子、王神仙之类的草药医生也来奉药。由于袁病倒时，正遇陕西陈树藩、四川陈宦、湖南汤芗铭先后来电独立，所以大家便有“送命二陈汤”之语。“二陈”指陈宦和陈树藩，“汤”指汤芗铭，“二陈汤”是中国的药名。
袁病时，每天仍在病榻开榻前会议，处理一切公务，直到病危时，亦不中断，只是改由袁克定在榻前襄助。
袁的病开始于5月27日，在此以前袁已心疲力竭，27日发病时，来势很猛，其家属乃急延中医刘竺笙、萧龙友会诊，但无效果。29日湖南独立，袁左右本不打算让袁知道，可是袁在病中仍逐日召集榻前会议，躬亲处理文电，所以无法瞒他。
6月2日袁命张一麐打电报给老朋友徐世昌，这时徐已归隐河南辉县，袁请他立即到北京来见最后一面。徐于6月5日抵京，立即赶到总统府，袁仰卧病榻，有气无力，喘得很厉害，颤气地说：“菊人，来得……好，来……得好，我……已是不中用……了。”
徐世昌和袁缔交最久，40年的好朋友，不论公谊和私交都相处甚欢，这时见到袁垂危的病容，也不禁老泪纵横。他悄悄背过身去试了眼泪，然后轻轻地说：“总统不必焦心，好好养几天就会好的。”袁却摇摇头闭了眼睛，眼角旁流下了一大颗眼泪。原来先一天袁已病势加剧，总统府急请法国公使馆医官卜西尔诊视病状，卜西尔诊视结果，确定为尿毒症，加以神经衰弱，肝火涌塞，病入膏肓，断定已难挽救。到5日，袁的精神越为不济，卜西尔替袁打了一针“强心针”，袁的神志才略为清醒，正巧徐世昌来了，可是不久袁又陷于昏迷状态。
在袁最后弥留时，口中断断续续地说出了“他害了我”四个字，这好像是他最后的遗言。是谁害了他？他的儿子吗？还是他的朋友或是部下呢？袁死后这一句话以讹传讹，竟说成是革命党以40万金贿赂法籍医生卜西尔给袁打了一支毒针，所以袁打针后喃喃说：“他害死了我”一句话。这当然是无稽之谣，然而袁这句话的真意则和他的去世而埋葬了。
民国5年6月6日清晨3时，袁终于断了气，这位乱世奸雄，清末民初两个时代的重要人物，终于和人世永别了。
袁死后发表遗令如下：
“民国成立，五载于兹。本大总统忝膺国民付托之重，徒以德薄能鲜，心余力绌，于救国救民之素愿，愧未能发摅万一。溯自就任以来，昼作夜息，殚勤擘画，虽国基未固，民困未苏，应革应兴，万端待理；而赖我官吏将士之力，得使各省秩序粗就安宁，列强邦交克臻辑治，抚衷稍慰，怀疚仍多。方期及时引退，得以休养林泉，遂我初服；不意感疾，寖至弥留。顾念国事至重，寄托必须得人，依《约法》第二十九条，大总统因故去职，或不能视事时，副总统代行其职权。本大总统遵照《约法》，宣告以副总统黎元洪代行中华民国大总统职权。副总统忠厚仁明，必能宏济时艰，奠安大局，以补本大总统阙失，而慰全国人民之望。所有京外文武官吏，以及军警士民，尤当共念国步艰难，维持秩序，力保治安，专以国家为重。昔人有言：‘惟生者能自强，则死者为不死’，本大总统犹此志也，中华民国五年五月六日。国务卿陆军，总长段祺瑞。外交总长、交通总长曹汝霖，内务总长王揖唐。财政总长周自齐。海军总长刘冠雄。司法总长、农商总长章宗祥。教育总长张国淦。”
袁死后，张一麐在他办公桌的抽屉中发现了他亲笔自撰的挽联：
为日本去一大敌；
看中国再造共和。
这是袁留以自挽的最后遗笔，但他真的是日本大敌吗？
有好事者对袁自称帝以至失败而死一幕丑剧戏为挽联云：
病起六君子；（此指洪宪六君子为祸首）
命送二陈汤！（二陈指陈宦、陈树藩，一汤指汤芗铭）
洪宪六君子之首，帝制罪魁的杨度挽袁联云：
民国误共和，共和未误民国，千载而还再平是狱；
明公负君宪，君宪未负明公，九泉之下三复斯言。
袁易篑前托孤寄命的共有四位要人，是段祺瑞、王士珍、张镇芳、徐世昌，还有“太子”袁克定也在病榻旁。徐世昌看袁是不行了，乃轻声地说，“总统有什么交代？”袁眨着惨白的眼光，上气不接下气，口中只说出了“约法”两个字，可是《约法》有新有旧的，袁所指的是新是旧呢？接受遗命的都有点茫然。旧《约法》规定总统不能行使职权时，由副总统继任总统。这是护国军方面坚持的。可是这个旧《约法》已被袁废止了。新《约法》是袁自己制定的，关于继任总统问题，规定由现任总统提名三人，写在一张名单上，藏之金匮石屋，俟总统死后取出来，在三位候选人中决选一人继任总统，这意思是避免大家竞争。金匮石屋的钥匙有三把，由总统、总理、参议院长各执其一，三把钥匙中需要有两把配合起来才能把“石屋”打开。
当袁说出“约法”两字而大家都感到茫茫困惑的时候，袁克定抢着补充一句话：“金匮石屋”。大家把脸转了过来看袁，袁则似点头非点头，口里已经说不出话来了。
袁死后大家打开石屋一看，总统继承人的名单上写着三个名字，顺序排列是：
黎元洪、徐世昌、段祺瑞。
段祺瑞这个名字原来写的是袁克定，袁克定也知道这回事，所以才提议“金匮石屋”。怎知袁病重时却瞒着儿子改为段祺瑞，而袁克定还蒙在鼓里。袁为什么要在死生俄顷之际修改名单呢？是不是“人之将死，其言也善！”其实这是袁高明之处，他知道他已众叛亲离，还要人拥立他的儿子，岂不是痴人说梦，而他的皇帝位子都保不住，怎能还有家天下的思想。在他最后一段政治生命中，他一手建立的北洋军系对他都不忠顺，他怎敢希望北洋诸将会拥护他的儿子！所以他死前及时把袁克定改为段祺瑞。
袁虽是6月6日清晨去世，但不省人事则是6月5日，6月5日这天正是阴历端午节，由于袁被人称为癞蛤蟆，于此遂又得一证明，因为俗语有“癞蛤蟆难过端午节”。
袁断气时，家人环哭，哭得最不悲痛的，是袁克定，因为袁克定关心的是金匮石屋中的总统候选名单。
袁死后北京政府特派曹汝霖、周自齐、袁乃宽为大丧典礼承办员，丧礼条目凡十三条，奠祭事项八条。
丧礼议定条目：（一）各官署、军营、军舰、海关下半旗二十七日，出殡日下半旗一日，灵榇驻在所亦下半旗，至出殡日为止。（二）文武官吏停止宴会二十七日。（三）民间辍乐七日，及国民追悼日，各辍乐一日。（四）文官左臂缠黑纱二十七日。（五）武官及兵士于左臂及刀柄上缠黑纱二十七日。（六）官署公文封面、纸面用黑边，宽约五分，亦二十七日。（七）官署公文书盖用黑色印泥二十七日。（八）官报封面亦用黑边二十七日。（九）自殡奠之后一日起，至释服日止，在京文武各机关，除公祭外，按日轮班前往行礼，京外大员有来京者，即以到日随本日轮班机关前往行礼。（十）各省及特别行政区域，与驻外使馆，自接电日起，择公共处所，由长官率同僚属，设案望祭凡七日。（十一）出殡之日，鸣炮一百零八响，官署、民间均辍乐一日。京师学校均于是日辍课。（十二）新华公府置黑边素纸签名簿二本，一备外交团签名用，一备中外官绅签名用。（十三）军队分班至新华门举枪致敬。
大丧典礼奠祭事项：（一）每日谒奠礼节，均着大礼服，不佩勋章，左臂缠黑纱，脱帽三鞠躬。（二）祭品用蔬果酒馔，按日于上午十时前陈设。（三）在京文武各机关，及附属各机关，每日各派四员，由各该长官率领，于上午九时三十分，齐集公府景福门外，十时敬诣灵筵前分班行礼。（四）单内未列各机关，有愿加入者，可随时赴府知照，亦于每日分班行礼。（五）外省来京大员，暨京外员绅谒奠者，可随时赴府签名，于每日各机关行礼时，另班行礼。（六）外宾及蒙、藏、回王公等谒奠者，即由外交部蒙藏院不拘时日，先期赴府知照，届时仍由外交部蒙藏院派员接待，导至灵筵前行礼。（七）清室派员吊祭时，应由特派接待员接待。（八）除各机关每日谒奠外，其各机关中如另有公祭者，先期一日赴府知照，另班上祭。
另定移灵办法，并发通告：为通告事。本月二十八日举行前大总统殡礼，所有执绋及在指定地点恭送人员，业经分别规定办法，合亟通告，俾便周知。
计开
（甲）赴彰德人员。（一）大总统特派承祭官一员。（二）文武各机关长官及上级军官佐。（三）文武各机关派员。（四）其他送殡人员。
（乙）送至中华门内人员。（一）外交团。（二）清皇室代表。
（丙）送至车站人员。（一）国务卿、国务员暨其他文武各机关长官。（二）文武各机关各派简任以下人员四员。
（丁）在中华门内恭送人员。文武各机关人员，及绅商学各界。（不拘人数，在中华门内指定地点恭送。）
附服式：凡执绋官员，均服制服，无制服者，准服燕尾服，均用黑领结、黑手套。有勋章大绶者，均佩勋章，带绶。左臂暨刀剑柄，均缠黑纱。其余各文武及绅商，准用甲种大礼服，及军常服，或乙种礼服，学生制服，均缠黑纱于左臂。
6月7日，袁遗体大殓，这位有史以来身兼皇帝和总统的袁世凯，头带平天冠，身穿祭天礼服，完全一副“大行皇帝”模样。这一天，国务院通令全国上下下半旗志哀，学校停课一天，全国人民停止娱乐一天，文武官停止宴会27天。
政府致送袁家属赙仪100万元。
正是这一天，西南各省悬旗志庆，云南、贵州都放鞭炮，全国人民皆大欢喜。这正是南北两地对袁的去世一个尖锐的对比。
6月23日举行政府公祭，由段祺瑞代表黎总统主祭。
6月28日出殡，由居仁堂移灵，异柩的人由32人增加到80人。举柩时北京城内外各庙宇撞钟101下。黎元洪在新华门向袁柩行了一鞠躬礼。执绋人员是：内阁全体阁员、清室代表和各国顾问，自新华门送到东安门；各国公使由东安门送到中华门。所有的执绋人员，武官着制服，文官着大礼服。沿途军警严密戒备，交通断绝，送柩专车由前门外车站出发时，放礼炮101响。袁柩由前门外车站上车，径赴彰德。
袁的家属在袁的灵柩移出居仁堂时，也搬出了居仁堂。他们搬出时，把所有在居仁堂内可以搬动的东西都搬走了，据统计，光是大箱就有好几口，均由拱卫军兵士押解到彰德去。所以居仁堂变成了空空如也。
袁的灵柩也运返彰德，运柩车沿站都停车接受官员祭奠，所以车行甚慢，直到6月29日才到彰德火车站。
袁死之前，武昌传来一则神话，5月1日大风，东乡招贤镇有龙坠入湖中，粗如巨臂，长达数丈，乌鳞紫甲，怒目强爪。第二天则杳无所见，惟湖水呈深黑色。
薛子奇论袁的失败是由于：
“用杨度而天下之政客走开，用夏午诒而天下之幕府走开，用段芝贵而天下之军人走开，用梁士诒而天下之理财家走开。”
章太炎论袁的失败是由于：
“袁之败由于三人反对三人：梁启超反对杨度，张一麐反对夏寿田，雷震春反对蔡锷。”
袁死后，当时的日本首相大隈重信有《吊袁世凯警告中华民国》一文，大隈是有名的日本侵华野心家，不过这篇文章却颇有可以警惕之语，其中吊袁世凯一段节抄如下：“袁氏为中华民国之大总统，蔑视《约法》，自制宪法，伪造民意，帝制自为，冀得遂其非分之望。及云南一呼，全国响应，卒于惊怖忧愤以死。迹其致败之由，盖不外耽于逸乐及修饰文字之二事。然此固中国数千年之习惯使然，袁氏不悟其非，转欲借此以求侥幸，遂致一败而不可收拾。今者袁氏死矣。虽然，袁氏之死，非仅袁氏一人死生之问题，实中国全国国运兴亡之大问题也，中华民国可不知所自省哉？”
