10月13日，孙中山到了广州，陈少白、郑士良等人也来到广州。
重阳节前夕，广州附近的各路队伍，打着醒目的灯笼，云集广州。省城巡防勇丁和城外兵丁的战斗力很弱。有战斗力的安勇一部3000人，经过兴中会运动，答应起义时反正。珠江中吨位最大的安澜、镇涛两艘军舰，也由兴中会会员程奎光控制，准备响应起义。陈清率领的炸弹队，在城内要道埋伏。
翌日，天刚黎明，好几路会党、绿林、民团首领已经在起义总机关等候命令。他们以“除暴安良”作口号，红带缠臂做标志。身藏利器的100多名卫队战士，也在起义总机关周围待命。
等待孙中山下命令，可是，孙中山没有按时回到起义总机关。
原来，孙中山在自己的住所接到汕头、西江两路会党的报告：“官军戒备，无法前进。”他还接到杨衢云的电报：“货不能来，延期两日。”
孙中山匆匆赶到起义总机关，向陆皓东、陈少白、郑士良说明情况有变化，商量应急办法。
陈少白大吃一惊，连忙说：“凡事过了期，风声必然走漏，如果硬要发动，一定要失败的。我们还是暂时把事情压下去，待以后再说吧！”
这话说得有道理。孙中山当机立断，把钱分发给各路首领，叫他们回去再听命令。
孙中山意识到形势必然是越来越危险，他命令战友们立即离开广州，走晚了恐怕出不去了。他自己去给杨衢云发电报：“货不要来，以待后命。”
形势果然发生突变。
当天上午，两广总督谭钟麟接到香港总督密电：“有人从香港私运武器进入广州，请留神。”
年迈昏愦的谭钟麟淡淡一笑，说道：“英国人连是谁私运武器也没弄清楚，要我留神，岂非捕风捉影？”
省缉捕统带李家焯气喘吁吁地跑来向谭钟麟报告：“市面外地人突然大增，行迹可疑，可能是要造反。”
谭钟麟半信半疑地问道：“党首是哪一个？”
“孙文！”
谭钟麟认识这位名医孙文，孙文常出入督府给少爷、小姐看病。他不相信孙文会造反，不由仰面哈哈大笑：“孙乃狂士，好作大言，岂敢造反？”
但谭钟麟毕竟是个老奸巨滑之徒。他闭目沉思了一会，决定派人暗中监视孙中山，并令军队加强巡防。
侦探到了河南瑞华坊，并不知道孙中山的住处，便问在街口闲坐的轿夫：“孙医生住在这里吗？”
轿夫平日与孙中山友好，见来者不善，便佯装着糊涂：
“这里只有伊医生，并没有孙医生。”
侦探信以为真，也就走了。
孙中山宛如常日一样，他和区凤墀牧师准时赴王煜初牧师娶媳宴会。城内谣言四起，街上兵弁来回不断。孙中山情知有变，仍然谈笑自若，旁若无人。
区凤墀却很诧异，问孙中山：“为什么今天的兵弁这么多？”
孙中山微微一笑：“是来侦探我的行迹的吧！”
区凤墀大吃一惊，忙回：“什么缘故？”
孙中山反问他：“行人都说我孙文要举事，你没有听到吗？”
谭钟麟得到飞报，兴中会会员朱淇自首告密，他大吃一惊，连忙调兵遣将，把守各处关口、码头。
朱淇的哥哥朱湘，是清举人，主持西关清平局事务，当他知道朱淇名列党籍，作《讨满檄文》，生怕株连自己，便冒用朱淇名义向李家焯自首告密。
陆皓东得到消息，立即安排机关人员转移，自己最后离开，走到半路，忽然想起党员名册，不知经管的同志是否带走，决定返回机关寻找。这样做十分危险，同行的同志极力劝阻他。陆皓东说：“党员名册最重要，如果落人敌手，我们岂不是被一网打尽？我个人即使冒生命危险，也要保全同志，实属份内的事。”说罢，毅然返回机关。
陆皓东进了机关，迅速紧闭大门，取出党员名册烧毁。门外，兵勇果然接踵而来，将机关包围得水泄不通。待兵勇破门而入，名册已经烧成灰烬。如释重负的陆皓东露出欣慰的笑容，从容被捕。
谭钟麟令南海县县衙李征庸审讯陆皓东，妄图迫使他供出同党，一网打尽。陆皓东昂首挺立，不跪不拜。他反令李征庸拿纸、笔、墨来。陆皓东奋笔疾书：“吾姓陆名中桂，号皓东，香山翠微乡人，年29岁。向居外处，今始返粤，与同乡孙文同愤异族政府之腐败专制，官吏之贪污庸懦，外人之阴谋窥伺，凭吊中原，荆榛满目，每一念及，真不知涕泪之何从也。居沪多年，碌碌无所就，乃由沪返粤，恰遇孙君，客寓过访。远别故人，风雨连床，畅谈竟夕。吾方以外患之日迫，欲治其标，孙则主满仇之必报，思治其本，连日辩驳，宗旨遂定，此为孙君与吾倡行排满之始。盖务求惊醒黄魂，光复汉族。无奈贪官污吏，劣绅腐儒，觍颜鲜耻，甘心事仇，不曰本朝深仁厚泽，即曰我辈践土食毛。讵知满清以建州贼种，入主中国，夺我土地，杀我民众，据我子女玉帛，试思维食谁之毛，谁践谁之土，扬州十日，嘉定三屠，与夫两王入粤，残杀我汉人之历史尤多，闻而知之，而谓此为恩泽手。要知今日非废灭满清，决不足以光复汉族；非诛除汉奸，又不足以废灭满清，故吾等尤欲诛一二狗官，以为我汉人当头一棒。今事虽不成，此心甚慰，但我可杀，而继我而起者不可尽杀。公羊既殁，九世含冤；异人归楚，吾说自验，吾言尽矣，请速行刑。”
李征庸狂施酷刑，陆皓东拒绝供出同党。铁钉插入陆皓东的手、足，凿掉了他的牙齿，鲜血淋淋的他始终坚贞不屈。他横眉冷对审判官，嘲弄地问：“你虽然严刑加之我身，但我肉痛心不痛，你又奈我如何？”
11月7日，陆皓东在广州英勇就义，成了中国有史以来为共和革命而牺牲的第一人。
广州起义失败后，谭钟麟发出布告，以悬赏花红银1000或数百元缉拿孙中山、杨衢云、郑士良等人。
孙中山化装成商人，镇定自若地来到水鬼潭埠头，登上一只事先准备好的小汽艇，辗转水路，经香山唐家湾到澳门，然后抵香港。
陈少白、郑士良早已来到香港，他们坐卧不安，忧心如焚。他们听说孙中山已经被捕，一时不知如何是好。孙中山突然出现在他们眼前，使他们惊喜交集，连忙问道：“你是怎么逃出来的？”
孙中山放下行李，神秘地笑了笑：“这个待以后再说，先谈谈现在我们该怎么办。”
大家面面相觑，一时间不知说什么好。
孙中山想起他的老师康德黎，便去请教。
他向康德黎通报了广州起义失败的经过，询问他们住在这里是否安全。
康德黎听罢，自己也无主意。他沉思一会，说自己不久要回英国，要孙中山去见友人丹尼斯律师。
丹尼斯详细询问了情况，觉得这是个棘手的事情。他翻阅了法律书籍，查无案例。他根据自己的经验劝告孙中山：“像这样的事情，我看最有效的安全措施，还是你们马上远走高飞为妙。”
孙中山鞠躬致谢，正要告辞，丹尼斯把他叫住，不厌其烦地叮嘱他：“北京的臂膀虽然弱，但仍然是长的。不论你走到世界哪个角落，都必须留心总理衙门的耳目。”
果然不出丹尼斯所料，香港政府在清政府的要求下，宣布五年内禁止孙中山等人入境。
香港既然不是久留之地，三十六计，走为上计。孙中山、陈少白、郑士良决定立即离开香港。
到哪里去呢？一时间，他们又茫无头绪。
从报纸上，看到当天晚上有船开赴安南。正是急不择路的时刻，去安南也未尝不可，就派人去买船票。怎知，这是艘货船，不载客人。再去打听，还有一艘“广岛丸”的日本货船，有4个客位，11月2日启航日本。再也没有别的选择了，他们决定乘坐这艘货船出走。
孙中山从汇丰银行里取出300美元，以备东渡之用。时间仓促，也来不及向康德黎老师告别了。
“广岛丸”一出港口，便遇上大风，海浪像山起谷落。
8天之后，“广岛丸”在日本神户港靠岸。他们踉踉跄跄地走上岸来，举目四望，一切都异常陌生，到了一个使人茫茫然的世界。
孙中山等人从神户转到横滨，在那里见到了陈清、谭发等人，又结识了侨商冯镜如、冯紫珊兄弟，联络了20多位华侨，成立了兴中会横滨分会，冯镜如任分会长。
孙中山决定到欧美各国向华侨宣传革命。他先赴美国，尔后去英国。
1896年10月11日，孙中山在伦敦去探望他以前的老师康德黎，在大街上被邓廷铿等3个中国人纠缠，以认同乡为名，拉着孙中山去“吃午饭”。孙中山被他们挟持到一幢房子里，关闭起来。
绑架孙中山的邓廷铿是清朝政府驻英公使馆三等翻译。公使龚照瑗在清廷授意下，出7000英镑的高价，向格来轮船公司租了一艘2000吨位的轮船，造了一只木箱，准备秘密地把孙中山装进箱内运回国杀害。
孙中山被幽禁在使馆三楼的一个有铁栅的小房间里。他是坐以待毙，还是设法冲破罗网，重获自由，必须迅速作出选择。古之成大事者，不惟有超世之才，亦有坚韧不拔之志。危在旦夕的孙中山，决计逃走，不肯坐以待毙。重获自由的关键，在于能传消息于外，他多次耐心说服常给他打扫卫生的使馆英仆贺维太太和清洁工柯尔，暗中给康德黎送信。
康德黎知孙中山被囚禁，四处奔走，积极设法营救。他先后到英国外务部和伦敦警察署、清政府驻英公使馆交涉，都无结果。最后，康德黎只得把孙中山被非法诱捕的消息以《可惊可骇之新闻：革命家被诱禁于伦敦、公使馆的拘囚》为题在《地球报》上发表，其他各报纷纷转载，震动了伦敦的舆论界，引起英国人民对清朝公使极大不满，公使馆门前聚集着数百名示威的群众，高呼：“释放孙逸仙！”一些市民号召捣毁清使馆。
英国政府怕引起风潮，派遣代表去清政府使馆交涉，首相兼外相沙侯向清使馆递交备忘录，要求按国际公法和国际惯例，迅速释放私捕人犯。
清使馆不得不把羁压12天的孙中山释放。孙中山从使馆里走出来的时候，街头人山人海的群众向他挥手致敬。孙逸仙的名字传遍世界，声名大著。
1897年8月的一天，孙中山在日本横滨陈少白的寓所，接待了慕名而来的一位日本人宫崎滔天，这位日本人比孙中山小5岁。
他们寒暄之后，宫崎首先发问：“我早已听说先生以中国为志，希望详细领教先生的革命宗旨和方法。”
孙中山低头沉思，徐徐开口：“我认为，人民自治是政治的极则。因此，我的政治主张是共和主义。”
宫崎急剧地思索着一连串的问题：这个人能担起振兴中国的重任吗？他能够身居4万万百姓之上掌握政权吗？我帮助这个人能够实现自己的抱负吗？
宫崎滔天原名寅藏，别号白浪奄滔天，出生在自由民权运动活跃地区的一个“自由民权之家”——日本熊本县荒尾村一个下级武士的家庭。他少怀大志，早有救世的念头，对弱肉强食的现状深恶痛绝，对现今国与国之间的竞争甚为憎厌。目睹当时亚洲大部分国家变成欧美侵略者的殖民地和半殖民地，他曾经希望日本能负起挽救亚洲的责任。可是，明治维新后的日本政府，却成了欧美列强压迫中国和亚洲一些国家的伙伴，充当了侵华急先锋。这样，他把复兴亚洲的希望寄托于中国革命事业。他遍访才俊之士，终于得遇孙逸仙先生。
孙中山继续说：“单就这一点来说，我认为就有责任从事革命。何况清廷执掌政权已经200多年，以愚民政策为要义，以压榨人民为能事，积弊日深，坐令大好山河陷入任人宰割的境地。有志之士，谁忍袖手旁观？因此，我辈力量虽小，仍然冒险起事，只是不幸遭受失败。”
宫崎凝视着孙中山，全神贯注地听下去。
“作为世界上的一个平民和人道主义的维护者，尚且不能坐视，何况我生于此邦，与它直接痛痒相关？我才疏学浅，本不足以担当大事。然而，现在不是以此重任推给别人，而自己袖手旁观的时候。”
孙中山一言重于一言，一语热于一语：“因此，我才自告奋勇，愿为革命的前驱，顺应时势的要求。如果上天庇佑我党，有豪杰之士前来援助，我立时让出现在的地位，愿效犬马之劳。如果无人，只好奋力肩此重任。”
这在宫崎听来，仿佛是滚滚的激流，稍遇遏制，顷刻又飞流激溅。
孙中山停顿片刻，又说下去：“我确信，为了中国苍生，为了亚洲黄种，更为了世界人类，上天一定会佑助我党。你们来和我党缔交就是一例。征兆已经出现，我党一定发愤努力，不负诸位的厚望。也请诸位拿出力量援助我党，实现我辈的志业。拯救中国4亿苍生，雪除东亚黄种人的耻辱，恢复和维持世界的和平和人道，关键在于我国革命的成功，如果中国革命成功，其余问题可迎刃而解。”
宫崎觉得孙中山的话言简意赅，句句贯义理，语语挟风霜，其中又洋溢着无限的热清，恰似自然的乐章，革命的旋律，真可谓英雄所见略同。他暗自称赞：孙逸仙实在已接近真纯的境地。他的思想何其高尚！他的见识何其卓越！他的抱负何其远大！他的情感又何其恳切！在我国人士中，像他这样的人究竟能有几个？他实在是东洋的珍宝。
宫崎从此决定通过协助孙中山实现自己的政治抱负。他心悦诚服，矢志为中国革命事业效力。
翌日，宫崎和友人平山周乘上去东京的列车。
到了东京，他们俩人直奔犬养毅的家门。
犬养毅正在客厅抽烟。一见他们进来，笑着说：“你们回来了。”
宫崎喜气洋洋，显得十分得意：“犬养君，我们这次不辱使命。”
犬养盘膝而坐，慢条斯理地说：“有什么值得这样高兴的呀？”
“我们见到了中国革命党首领孙逸仙！”
原来犬养毅是日本民党领袖。松方正义组阁后，犬养毅以在野党领袖名义推荐平山周和可儿，受外务省委托前往中国南方调查秘密会党的活动。行前陆军省参谋部宇都宫太郎少佐告诉他们：“中国有一个人叫孙文，他是提倡革命的，你们要多注意这个人。”他们在横滨英文报上看到载有中国革命家孙逸仙的消息，怀疑孙逸仙就是孙文。到了上海，他们在书店里发现孙中山写的《伦敦蒙难记》，立刻买了一本，读完之后，才知道孙中山的概况。他们赶快将这本书摘要译成日文。到了香港，又用了10多天时间，查阅了堆积如山的旧报纸，得到一些有关孙文生平的资料。他们很快将这些资料报告了犬养。
现在，犬养又听了宫崎的报告，喜出望外，问道：“他在哪里？”
“就在横滨，我和他谈了一整天。你想见见他吗？”
“这是份大礼物，怎能不会他一面。”
“见面并不困难，只是孙先生的生活还没有着落。”
“你们可以找平冈浩大郎（日本著名实业家）商量，一两年生活费用，他是出得起的。”
犬养思索：麻烦的倒是外务省的态度。他决定到外务省去找外相大畏重信谈谈。
犬养取得了外相大畏重信的默许，派宫崎和平山专程去横滨，迎接孙中山来东京相会。
有了犬养、宫崎他们的帮助，孙中山在东京市麴町区平河町五丁目30番地租了一栋房子居住。孙中山以平山语言学教师的名义，由东京府发给“居留地外侨许可证”，准予留居日本。
孙中山通过宫崎和平山周的介绍，不但认识了民党领袖犬养毅和大畏重信，随后又结识了萱野长知、头山满、平冈浩太郎、山田良政、内田良平、福平诚、宗方小太郎等人。
1899年，孙中山往返于东京、横滨、长崎等地，宣传革命，结识同志，为了再次策划武装起义，派兴中会会员毕永年偕同日人平山周等赴湖南、湖北等地联络哥老会，提出兴中会和哥老会联合反清的建议。他们在湖南、湖北对哥老会各首领进行了发动。
孙中山命陈少白、郑士良等人在香港设立会党机关，与广东三合会取得密切联系。
这年冬季，联络会党的工作基本就绪后，兴中会便邀约哥老会、三合会各首领在香港集会，陈少白、郑士良、杨衢云、毕永年、杨鸿钧、李云彪、张尧卿、宫崎寅藏、平山周等人都出席了会议。
会上，议定纲领三则，歃血为盟，兴中、三合、哥老三会结成一个大团体，取名“兴汉会”，一致推选孙中山为总会长。
1900年5月的一天，孙中山收到香港陈少白一封信，报告香港议员英籍华人何启主张革命党人与李鸿章联合“改造中国”的献策，征求孙中山的竟见。
原来，中国的义和团运动蓬勃发展，沉重地打击了侵华的各国帝国主义，英帝国主义者企图保持它在长江流域的既得利益，勾结这个地区的军界、政界头目，倡议“东南互保”。两广总督李鸿章，也表示加入“东南互保”的行列。何启认为中国瓜分之祸迫在眉睫，主张革命党与两广总督李鸿章联合，宣传两广自主，保存广东。他征得英国香港总督卜力的同意，又向陈少白献策：首先由革命党人联名向卜力提出“改造中国”的方案，请求给予协助，然后由卜力居间撮合。
孙中山既了解李鸿章的为人，又对英国策划李鸿章同革命党人“合作救国”的方案抱有怀疑态度。
正在这时，孙中山接到了李鸿章的幕僚刘学询邀请他来粤的信件：“傅相因北方拳乱，欲以粤省独立，思得足下为助，请速来粤协同进行。”
孙中山读了这封信，不由在房里来回踱步。他颇不信李鸿章能具此魄力，但刘学询的信又使他不忍放过机会。他想：
此举设使有成，亦大局之福，不妨一试。
陈少白根据孙中山的指示，召集在港的兴中会骨干草拟了一个方案，署签孙中山、杨衢云、陈少白、谢缵泰、郑士良、邓荫南、史坚如、李纪堂8人的名字交给卜力。
卜力马上指使英国驻广州领事暗中与李鸿章接洽：粤省如能毅然向北京政府宣布自主，港督可相机协助，并联合各国领事一致赞成。
清廷还未陷于绝境。老于世故的李鸿章仍然迟疑观望，不肯正式表态。
1900年6月9日，孙中山依约与杨衢云、郑士良、宫崎、清藤幸七郎、内田良平，乘法国邮船“烟狄斯”号，从横滨出发，直赴香港。
孙中山在船上同大家研究今后的行动方针。他说：“在保安条例规定期限内，我不能在香港停留，因此，我们到香港后，内田良平、清藤幸七郎和宫崎上岸办事，我即去西贡，然后前往新加坡。我们在那里会集，观察情况，然后决定以后的大计。”
宫崎提出建议：“现在应该联合康有为，共同协力办事。”
康有为和梁启超因戊戌变法失败，于1898年秋季流亡日本，通过宫崎和平山的居间联络，孙中山等满腔热忱地希望联合康、梁共同反清。孙中山、陈少白同康、梁分别进行了多次会谈，但是，由于康、梁坚持保皇立场。谈判没有结果。
对于宫崎的建议，孙中山认为可能性不大，由于大家赞成，也就同意了。
17日，船抵香港海面，李鸿章派“安澜”号炮舰来接孙中山、杨衢云。大家对李鸿章不放心，建议改派宫崎、清藤、内田3人作为孙中山的代表，前往广州谈判。
3人上了“安澜”号炮舰，被接到广州刘学询寓所谈判。
宫崎提出了保证孙中山生命安全，借款6万元作为双方合作的前提条件。刘学询当即请示了李鸿章。
刘学询传李鸿章的话：“在各国联军未攻陷北京之前，傅相不便有所表示。至于借款6万元，傅相表示同意，先在香港付予一半，希望孙逸仙先生早日前来，共商大事。”
宫崎等人连夜返回香港，孙中山已前往西贡。宫崎他们在香港停留了3天，办完了事，便赴新加坡。
在新加坡，宫崎准备和康有为谈判。不料，康有为怀疑宫崎此行的目的在于行刺，不但避而不见，并向英国殖民当局控告他们。
7月6日，宫崎和清藤被捕入狱。
孙中山来到新加坡，获悉宫崎、清藤被捕，立即组织营救。英国殖民当局虽然释放了宫崎、清藤，但却勒令他们和孙中山立即离开新加坡，5年内不得入境。
孙中山一行离开新加坡返回香港。他们刚刚到达香港海面，便接到香港警署的通知：孙中山的5年驱逐令尚未满期，不准登岸。
孙中山在香港港口船上得到李鸿章放弃“两广独立”的计划，李决定进京。孙、李“联合救国”成了过眼的云烟。孙中山决定加紧策划起义。
入夜，孙中山在船上召开了军事会议，决定由郑士良督率黄福、黄耀廷、黄江喜等赴广东惠州，准备发动起义；史坚如、邓荫南赴广州，组织起事及暗杀机关，以资策应；福平诚在香港主持起义筹备工作，杨衢云、陈少白、李纪堂在港担任接济饷械事务；毕永年再赴长江流域联系会党；孙中山同宫崎、清藤则转回日本折入台湾，待起义发动后再设法潜入内地。
9月18日，孙中山等由神户经马关抵台湾，即在台北建立起义指挥中心，招揽了一批军事人员，等待起义军进抵厦门时渡海接应。他们与日本的台湾总督儿玉源太郎的代表后藤新平取得联系，请求支援他们的活动。
