袁世凯得知孙中山当选为临时大总统，立即命令北洋军炮轰武昌。黎元洪立即配合，他电致南京临时政府和各省都督，吹嘘袁世凯“胸怀磊落，名满天下”，这次未能当选大总统，识者惜之，还说：“方期和议早成，彼此共享共和之福，人望如项城，何至不能与选？”他特告伍廷芳转致唐绍仪：北军应遵守停战协议，立即休战、否则冠裳之会，变为干戈。黎元洪的这份电报，一则为袁世凯鸣不平，给临时政府和孙中山施加压力，再则暗示袁世凯、只要停止炮轰武昌，将来大总统之位，非袁莫属。向袁暗送秋波，略尽投靠之诚，可谓用心良苦。
黎元洪从清朝的一个中级军官，一夜之间，成了中华民国首义军政府都督，又两月有余，一跃而为中华民国副总统，他被时人称为“开国元勋”、“开国三杰”（即孙中山、黄兴、黎元洪）、“民国四大伟人”（即孙中山、袁世凯、黄兴、黎元洪），这只是历史的机遇。对于被人强拉出来的那幕历史喜剧，他自己并不否认，他在1月2日复孙中山的电文中说：
“元洪才识凡庸，素无定见，此次发难，皆赖群策群力，共赴事机，元洪何人，敢叨天之功以为己有？”
黎在表示接受副总统职位的电文中又说：“诸君子创其苦因，而元洪收其乐果，纵诸君子谬蒙推奖，能恧然？”他还当众说过：“按照大清法律，革命行动可招杀头灭族之祸，岂可以掉以轻心，随便加入，我当时是被他们强拖出来的，实在情不得已。想不到，果然就成了一番大事业！”
但是，黎元洪是一位争权的人，临时政府成立后，黄兴宣布取消副大元帅职，但黎元洪仍然继续使用大元帅名义。他还分化瓦解革命力量，加紧集权。他利用亲信孙发绪、饶汉祥、杜锡钧等人，密密勾结原共进会领导人、军务部长孙武，拥黎自重，摧残湖北革命力量，打击、排挤原文学社系统革命党人和在湖北的同盟会领导人；临时政府成立后，又公开拥袁、拥黎，排孙、排黄，反对临时政府和同盟会。孙武等人，因没有选上临时政府各部总长，便迁怒于孙中山、黄兴，攻击临时政府是“败将逃官，沆瀣一气”。孙发绪乘机盅惑在宁不得志之鄂人，谓南京政府排鄂，鄂人功高多材，应另树一帜，以与之相抗。于是孙武、孙发绪、刘成禺等人，拉拢一批失意的文武官僚政客，在上海成立一个新政党，一民社，与同盟会公开对立。
列名发起成立民社的人有：黎元洪、蓝天蔚、谭延麴、王正廷、王鸿猷、李登辉、孙武、朱瑞、张振武、吴敬恒、杨曾蔚、刘成禺、项骧、宁调元、孙发绪、周恢、张伯烈、汪彭年、高正中、朱立刚、徐伟、高彤墀、郭健霄、何震等。1912年1月16日，在上海旅泰开成立大会，临时推举孙发绪为主席，决定在上海设立民社本部，选举职员，公推吴敬恒为总干事，何震为秘书。主事者为孙武，最活跃的是孙发绪，黎元洪为后盾。
民社成立后，在报端发表《民社缘起》、《民社规约》，标榜爰本卢梭人民社会之迺，发起民社，对于统一共和政治，持进步主义，以谋国利民福。实际上是拥护黎元洪为首领，向同盟会争权。他们在上海创办民社机关报《民声日报》，又在武汉成立民社武汉支部，公举黎元洪为社长，孙武为副社长，孙发绪为评议长，丁立中为总干事。民社的中心实际上已由上海移到武汉。
黎元洪，孙发绪等，以民社为据点，掀起反对临时政府的阵阵恶浪。孙发绪在一次会上说：“孙文说话，完全是骗人的。从欧美回来，想做现成的总统。此次组织政府，所用的人，都是他从前打滥仗的朋友。我们万不可同他联合，免得陪着他一路垮台。”
他盅惑说：“黎氏德高望重，虽华盛顿复生无以过之。鄂中将士，皆起义有功，而南京政府均漠置之，且以湖北全省矿产及赋税抵借外债，并谓武昌内政不良，将练一军平武昌。”
这些无中生有、挑拨离间的谣言，正中孙武的下怀，孙武当即恨恨连声地道：“南京如此败坏，吾宁承认袁世凯，而不承认南京。”
他们还要公开发表通电，表示反对南京政府。当即遭到同盟会员杨时杰、查光佛等人的痛斥，双方几致动武。黎元洪抱定主义，另立门户，垄断湖北一切政权，联袁拒孙。武昌民社集团成了袁世凯在湖北的代言人。
黎元洪稳固掌握了湖北的政权后，又掌握军权。他利用孙武与蒋翊武之间的矛盾，免去蒋翊武的护理总司令职务，又将节制各军的谭人凤派为赴上海的议和代表，令心腹吴兆麟为总司令。吴兆麟立即改组司令部，设立参谋、副官、秘书、军法四处，其中只有1个副官是革命党人，又将原步、炮、马各队11个协的兵力编为3个大防御区，另编2大队和1个总预备队。每防区和每个队均设司令官1人，6名司令官中，革命党人只有2人，其他均为旧军官，而且统率先锋军的总预备队总司令官也安插了黎元洪的心腹执事官王安澜。原由革命党人掌握的军队，基本上已掌握在黎元洪为首的旧官僚手里。
黎开洪的心腹杜锡钧向黎献策道：“自古道‘当权者贵’，权是不可放松的。袁世凯为什么‘抖雄’，还不是仗着兵权在握吗？现在和议未定，正可借备战的名义，把军队扩充起来。尽管当选了副总统，大元帅的名义千万不可取消。各省来鄂的援军，编遣和节制权，都在大元帅手内。不过高级官吏，多物色几个亲信人。有了兵权，谁个敢不服从呢？”
此话正中黎元洪下怀，黎元洪已有了掌握军权的计划。
杜锡钧又给孙武出谋划策：“一旦和议告成，鄂省需进行之事甚多．黎元洪既当副总统、都督一席．势必易人。谁人呢？非你孙武不可。做都督又非掌兵权不可，而现在兵权均在战时总司令吴兆麟手里，不如趁北伐时机，采取调虎离山之计把吴调开，请黎元洪下令将军队归军务部节制。”
孙武颇以为然。他和黎元洪各自装着杜锡钧所献计策，一起商讨扩军计划。把吴兆麟划分的3个防区改为3镇，令吴统率第3镇，外加混成第8协、机关枪1营、督战敢死队1营、护军队2队、卫生队1队，作为北伐第一军，吴为第一军总司令。此外，湖南、江西、安徽、广西、江苏、南京、贵州、广东、云南等省赴鄂援军近10万人编为第二、第三军，以江西援鄂军统领李烈钧为第二军总司令，统率安徽、江西、九江、南京各地援军，及鄂军第3协；以广西援军赵恒锡为第三军总司令，均归大元帅黎元洪统辖。其余鄂军部队编为守备部队和留守部队，各拥有3个协兵力，留守部队中还包括炮兵2标、工程兵1营，亦归黎元洪统辖。
杜锡钧野心勃勃，包藏祸心，在决定吴兆麟任第一军总司令后、又在孙武面前挑唆道：“吴任此职，指大功告竣，吴之功劳权势亦愈加大，是后患也，仍宜设法牵制。”
孙武、杜锡钧便商定，请黎元洪改派吴为尚未建成之第4镇统制，暂指挥第一军所属军队。黎元洪不能驳孙武的面子，认为吴兆麟是自己人，好说话，如不行，再令他作参谋总长。于是当即照孙武的意思赶办委札，连夜派人送给吴兆麟。吴接到委札颇为恼火，立即打电话给黎，表示不满。黎元洪只得任命吴为大元帅府参谋总长，孙武接让第一军总司令。
孙武争权、黎元洪朝令夕改，引起革命党人及军政府人员不满，总监刘公对吴兆麟道：“黎之左右佥任，非驱逐不可！”
杜锡钧闻风逃往汉口，并派心腹之人潜往武昌，面晤孙武道：“先生若就第1军军统，则军务部势必易人，就小遗大，甚为先生不取也。不如此时辞去军统之职，再由先生保荐一心腹之人，先生间接遥制之。此两全之策也。”
孙武正为遭到众人反对而懊悔。听了这番话便向黎元洪建议暂命杜锡钧代理第一军总司令。黎元洪从恶如流，惯听小人播弄，且杜亦是他的心腹之人，买孙武的面子。于是，杜的目的便达到了。可谓手段狡猾矣。
黎元洪以大元帅名义发下了准备北伐进军的命令，命第一军由阳逻向黄陂方面前进；第二军由黄陂进占祁家湾，然后沿铁道线向三议埠行进；第三军占领新沟、汉川，嗣后即由孝感进攻。三军均需在停战期满，即1月15日晨8时完成如上军事行动，一旦和议破裂，即向盘踞在杨店和孝感之敌发起正式进攻。但黎元洪雷声大，雨点小，他的主要希望是寄托在同袁世凯的和谈上，北伐仅成为他扩张军队的口实。
同盟会在袁世凯的诱惑下，在立宪派人的离间下，上层已经分裂。原同盟会会员、同盟会机关报《民报》主编章太炎同立宪派人张謇、程德全、赵凤昌、应德闳等发起，于1912年1月3日在上海江苏教育总会宣布成立中华民国联合会，公推章太炎、程德全为正副社长。各省设立分会，经各省会员互选，其参议员为：
江苏：唐文治、张謇；
浙江：蔡元培、应德闳；
湖南：熊希龄、张通典；
湖北：黄侃；
安徽：江德渊、程承泽；
四川：黄云鹏、贺孝齐；
江西：刘树堂、邹凌沅；
广西：陈郁瑺；
云南：陈荣昌；
广东：邓实；
甘肃：牛载坤；
贵州：符诗镕、王朴诸。
设机关报为《大共和日报》。中华民国联合会主要是由立宪派人和少数象程德全这样的旧官僚、把章太炎这位“革命元勋”当作旗帜而搞起来的。它的“假定政纲”计有10条：1、确定共和政体，建设责任内阁；2、统一全国，厘正行政区域；3、厘正财政，平均人民负担；4、整顿金融机关，发达国民经济；5、振兴海陆军备，巩固国防；6、建设铁路干线，力谋全国交通；7、维持国际和平，保全国家权利；8、励行移民开垦，促进边荒同化；9、普及国民教育，振起专门学术；10、注重国计民生，采用稳健社会政策。这些政纲是无所非议的。
但是，中华民国联合会的实际活动，主要斗争矛头是对着临时政府的。诸如反对使用阳历，多队向临时政府请愿，要求立即成立民选参议院。他们在临时政府准备将汉冶萍公司同日本合办、以向日本借款解决财政困难，主张建都南京、反对迁都北京等问题上，对以孙中山为首的临时政府进行了猛烈的抨击，表示坚决反对的态度，使临时政府处在更加困难的境地。
中华民国联合会成立2个月之后，即改名为统一党。改组后的统一党领导机构是理事会议，选举章太炎、程德全、宋教仁、熊希龄、张謇五人为理事。理事主持一切党务。各省推举评议员，有唐文治等17人为评议员。又将一批在政治上起重要作用的人物，举为参事，以襄助理事办理党务，他们是：汤寿潜、蒋尊簋、庄蕴宽、唐绍仪、赵凤昌、唐文治、陈荣昌、邓实、应德闳、王穆青、汤化龙、温宗尧、叶景葵等。
统一党成立后，全力支持袁世凯，在许多方面抨击临时政府。
到了1912年5月，统一党与民社等社团合组为共和党。
除了共和党与临时政府、中国同盟会对立的组织之外，又有“国民协进会”、“国民协会”、“共和建设讨论会”等组织与同盟会对峙。又有“统一共和党”、“中国社会党”、“中华民国工党”建立起来。
国民协进会是由范源濂、籍忠寅、蹇念益、周大烈、王景芳、严修、黄远庸、蓝公武等人于1912年2月，在天津发起成立，是由清末立宪团体宪友会和辛亥俱乐部的成员组成。
政治倾向于黎元洪主义，主张推黎为党魁。
国民协会是由张嘉璈、温宗尧、唐文治、夏廷桢、沈祚延、赵熙、唐绍仪、杨士琦、袁树勋等人担任领导。它是袁世凯的政治附庸。
共和建设讨论会是由原宪友会的孙洪伊、汤化龙、林长民、刘崇佑、胡瑞霖、张嘉森等人于1912年1月在上海发起4月13日成立。谢远涵、林长民、肖湘等人为文书干事，陆乃翔等人为会计干事，李文熙等人为庶务干事，胡瑞霖、黄可权、向瑞琨、刘崇佑、张嘉森等40余人为交际干事，汤化龙为主任干事，组成共和建设讨论会本部。
共和建设讨论会以原立宪派人和旧官僚为主，其骨干多为原各省谘议局的议长、副议长、议员。该会的活动主要有两个方面：其一，积极为梁启超归国创造条件；其二，策划合并反同盟会的各政团为一大党，和同盟会对峙。最后与国民协会一起，联合了几个小政团，组成了以汤化龙为干事长的民主党。
统一共和党是由共和统一会、中华民国国民共进会、政治谈话会联合而成。
共和统一会是由同盟会员景耀月、胡瑛、王宠惠、陈其美、钮永建、汪精卫、马君武、于右任等和江浙立宪派人士伍廷芳、张謇、唐文治、温宗尧、赵凤昌等，在1911年12月下旬发起成立，并在南京创办《大中华报》。
中华民国国民共进会是由浙江都督府各部长及部分省议会议员褚辅成、殷汝骊、沈钧儒等，于1912年1月发起成立。
政治谈话会为同盟会员刘彦组织，其成员多为南京临时政府参议院议员。
1912年4月，这3个政治团体在南京合并组成统一共和党。选举蔡锷、张凤祐、王芝祥、孙毓筠、沈秉坤为总干事，殷汝骊、袁家普、陈陶怡、张树森、彭允彝为常务干事，景耀月、刘彦、欧阳振声、吴景濂、沈钧儒、肖坤等20人为参议，褚辅成、李日垓等25人为特派交际员。
统一共和党在云南、贵州、江西等十余省设立支部。党员人员达数百人。蔡锷为云南支部长，张凤翙为陕西支部长，唐继尧、李烈钧、戴戡等都分别积极从事建立贵州、江西支部的工作。
该党主要领导成员几乎全部是同盟会员和立宪派人。以巩固全国统一，建设完美共和政治，循世界之趋势，发展国力，力图进步为宗旨，它在同盟会和其反对党之间，采取折中态度。
中国社会党的前身是江亢虎于1911年7月在上海成立的社会主义研究会，有50余人参加。
江亢虎原名绍铨，江西弋阳人。1901年，18岁赴日本考察政治，不久回国，被袁世凯任为北洋编译局总办和《北洋官报》总纂。次年留学日本，1904年因病辍学回国，任刑部主事和京师大学堂日文教习。1910年经日本至欧洲各国，宣扬无宗教、无国家、无家庭的三无主义，并以此抵制孙中山的三民主义。他在国外听得一点社会主义的门面话，归国后便鼓吹“社会主义”，组织成立社会主义研究会。尽管江亢虎把无政府主义当作社会主义去宣扬，但对落后中国来说，仍有一定的启蒙意义。
上海光复的第二天，江亢虎将社会主义研究会改组为中国社会党。他在《中国社会党宣言》中说：“社会主义欧美极盛，在中国则本党实为最初惟一之团体机关，其宗旨在于不妨害国家存立范围内主张纯粹社会主义。”它的党纲为：赞同共和；融化种界；改良法律，尊重个人；破除世袭遗产制度；组织公共机关，普及平民教育；振兴直接生利之事业，奖励劳动家；专征地税，罢免一切税；限制军备，并力军备以外之竞争。
中国社会党成立2个多月，便有党员4、5千人，设30余个支部。虽然中国社会党党员成分复杂，但其中确有一批热心于社会改革的进步人士，如苏州支部总务干事陈翼龙，以及顾颉刚、叶圣陶、王伯祥等，后来又有天津的李大钊。
中华民国工党是由中国社会党党员徐企文发起，于1912年1月21日在上海成立。公推朱志尧为正总领袖，徐企文、谢月为副总领袖。
该党的基层组织是按行业组建，分别在铁业、机器业、纱业、电业、外国木器业、眼镜业、红木业、丝业、银行业、雕花业、漆业、帽业、织业、寿器业、刻字业、印字业、红帮缝衣业、制烟业等建立基层组织，惟选各业领袖。
中华民国工党以“促进工业发达”为主旨，不提倡工人罢工，主张工人同资本家通力合作，调和阶级矛盾。1912年6月23日，中国社会党和中华民国工党发表联合宣言，宣布两党“切实联合，一致进行”。
孙中山指挥6路大军北伐，1912年1月12日，他命关外都督蓝天蔚率“海容”、“海珲”、“南琛”3艘巡洋舰，从上海出发，经烟台北伐。
北伐舰队开抵烟台，受到已宣布光复的烟台人民的热烈欢迎。孙中山又命刘基炎率领2000余名沪军为北伐先锋队，从上海分乘新铭、新昌、公平、太顺等四艘轮船，去烟台，先后占领了登州等地。沪军由蓝天蔚节制，从此北伐军以烟台为进军东北之基地，即从烟台乘船渡渤海，在辽东半岛登陆，进军东北三省。
蓝天蔚字秀豪，湖北黄陂人。早年以湖北武备学生资送日本留学，入士官学校。1903年，25岁，与钮永建、秦毓鎏等在东京发起组织“拒俄义勇队”，被推为队长，后改为“军国民教育会”。回国后在湖北新军任统带官兼湖北将弁高等师范学堂教员。不久赴日本考察军事，考入陆军大学。1910年归国，任陆军第2混成协统领，驻奉天。武昌起义后，与陆军第6镇统制吴禄贞、第20镇统制张绍曾等，拟发动北方新军响应。不料吴被刺身死，张被解职，他赴沪任北伐军总司令，再赴烟台。
但是，蓝天蔚准备在辽东半岛进军东北的计划，却受日本帝国主义阻挠。日本“音羽”舰将校到“海容”号访问蓝天蔚，拒绝蓝天蔚军在辽东半岛登陆，声称“不但中立地带绝对拒绝利用，即在其他满洲沿岸地域登陆，亦将使满洲之安宁秩序发生紊乱，并将进而危及各国居民之安全，以至于损害我国利益。为避免将来发生骚乱，应请贵军放弃登陆计划。”
蓝天蔚不得不改为绕道在貔子窝附近经花园口至大孤山中立地区以外一带地点登陆。
孙中山组织的6路北伐大军，若能继续北伐，不出3个月，便可兵临北京城下。同盟会要人谭人凤在谈到北伐形势时说：
“时南军援鄂者，有沈秉坤率统之湘、桂联军，马毓宝移驻九江之赣军，南京派遣黎天才之滇军，唐牺支、王政雅光复荆、襄，重庆、四川亦光复，鄂固无虞矣。南京方面，柏文蔚率滇、粤军驻临淮，扼由徐入皖之路。扬州徐分府合皖军屯宿迁，扼由京入浦之路，正阳、六合等处，亦有军扼守，以防由豫入皖之路。其集中于南京城者，有浙军、沪军、光复军、铁血军、卫戍军，以及固有之军队与新编之各军，合计不下10余万众。而广东，闽、浙尚议继续出军，兵力不可谓不厚，加之长安、太原早已光复，烟台有刘基炎独立，河南有王天纵举兵，直隶有滦州兵变之一事，东省自牛庄发难后，关外都督蓝天蔚尚谋大举。使南京政府毅然攻击，以援鄂各军出武胜关，直趋河南与山、陕义军合，以南京集合各军分配前敌，3路夹攻徐州，分1支捣开封与鄂军合，1支由京浦入济南，与齐、鲁义军合，行见北方健儿群起响应，袁且将瓮中鳖矣，岂能操必胜之算哉！”
袁世凯所依仗北洋6镇，至多10万人，临时政府的军队多出袁军好几倍。而且在兵源上，独立各省人民踊跃参军。相反，袁世凯到自己的老家招兵时，应募者认为是革命军，踊跃入伍，但一见龙旗，便群哄而散。清政府不得人心，它的兵源十分困难。总之，临时政府在军事上已处于优势，袁世凯则处于被动的守势。
临时政府在政治上也处在有利地位，南方各地军民，纷纷发布通电，要求取消议和，出师北伐。有的说：“今民国已立，总统有人，诸公早定大计，直捣贼巢。”“北伐北伐，纵以吾辈之血，染成民国地图，亦所不惜。”有的说：“和约且破，已堕袁贼诡计。刻下敝军已联合五镇，预备开赴前敌，如何进行方略，速复，以免一误再误。”有的说：“北军势单力薄，调遣难周。我军朝气方新，万不可堕其延宕之术。敝军政分府现今整队北伐，一面廓清淮甸，以固我长江门户，然后与各民军合力北伐。务请我最崇拜、最亲爱诸公，持以决心，奋扬神武，毋使九仞之功止于一篑，是为至祷。”全国反对议和，要求北伐的呼声极高。
但是，6路北伐军队，除宁皖和淮杨两路沿津浦线北上，烟台、关外两路有所行动外，其他两路并无动作。由于南北议和，命令各路北伐军在停战期内不许进击，而停战协定一再延长期限。
停战议和，一则是临时政府成立之初就已确定的方针，二则是新成立的诸多党派拥黎拥袁。孙中山事实上已不可能改变南方各省“举袁”的方针，同袁世凯中止议和。这样，临时政府所举行的北伐，终于夭折。
袁世凯在声势浩大的北伐军面前，已是惊恐之状。他手下的北洋“三杰”，也变得无所作为。
所谓“三杰”是袁世凯在山东的时候，曾请德国军官观操，那个德国人当着袁的面，用马鞭指着王士珍、段祺瑞、冯国璋称道：“你手下这三员均为杰出的将才。”于是，这三人便被吹嘘为“北洋三杰”了。后来军中进一步把这“三杰”吹得更形象化了。分别称之为“王龙”、“段虎”、“冯狗”。“三杰”之冠的王士珍，城府很深，在政治舞台上是个时隐时现，见首不见尾，知面不知心的人物，所以称之为“龙”；段祺瑞性情暴躁，好比恶虎。但这只“恶虎”长相却没有半点虎威，他脸膛扁平，眉毛疏淡，鼻子微微歪向左边，胡子散乱，嘴唇没有棱角。因此人们常常不叫他“段虎”，因他是合肥人，则叫他“段合肥”。冯国璋爱在主子面前点关哈腰，象一只摇尾的家犬。
冯国璋和段祺瑞虽是一对结拜金兰的把兄弟，可一直是面和心不和。早在小站练兵时，袁世凯委派冯国璋为步兵学堂总办兼督练营务处总办，段祺瑞为炮兵学堂总办兼炮兵统带。冯国璋丧妻后，袁世凯把自己的家庭女教师周道如嫁给他做填房。段祺瑞断弦后，袁世凯又将自己的干女儿张佩蘅许给他做继配夫人。由于各有这么一层不寻常的关系，冯、段二人常在袁世凯面前争宠，就是一些鸡毛蒜皮的小事也常常明争暗斗，各不相容，互不服气。
段祺瑞的父亲在旧军中当过管带，段祺瑞因此自命为“将门之子”。他在北洋武备学堂毕业后，又曾到德国深造过。当时德国是世界上陆军最强的国家，而那时留德学生又很少，段祺瑞更是以此引为自豪，常在人前摆出一副门里金刚的架势。他非常崇拜德国，无论什么东西都必称德国的好。甚至他生了病也非要服德国药不可。在他的眼里，冯国璋简直是个无名鼠辈，根本无法和他相比。
冯国璋是直隶河间人，早年中过秀才，后来弃文习武，考入天津北洋武备步兵班。毕业后，派往军队中当个小军官，不久又离开军队，重操本行，做起候补知县来。他到小站后，立即受到袁世凯重用，成为新建陆军的重要台柱子之一。
袁世凯对他手下这一“虎”一“犬”，采取暗中笼络，互相牵制，分而治之的驾驭办法，促使他们心甘情愿地为自己卖命。
袁世凯任直隶总督时，为表示他“用人唯公不唯亲”，便常用考试办法来提升军官。当北洋新军成立第1协时，王士珍考个第1名，当了协统；成立第2协时，冯国璋考试也夺了桂冠，也当上了协统。那位留过洋的“将门之子”段祺瑞，却一连两次名落孙山，脸上无光，肚子里有气。成立第3协时，他满腹心事，坐立不安，深怕这次考试再落榜，那留洋镀金的面子将要丢尽，别说升官当协统没份，恐怕连在北洋军里继续呆下去的本钱也将蚀光。不料在考试前一天，他正惶惶不安时，袁世凯突然差人来把他叫到书房去，二话没说，悄悄地将试题递到他的手里。这次考试，他终于名列前茅。事后，他每与密友谈起此事，总是表示对袁世凯“受恩深重，终身不忘”。其实，王士珍、冯国璋之所以早他登榜，也全赖袁世凯所施的“恩惠”，只不过段祺瑞一直被蒙在鼓里罢了。
冯国璋第一军攻下汉口和汉阳之际，袁世凯突然把段祺瑞从前线召回京，一见面，劈头就问：“芝泉，你看这仗该怎么打？”
段祺瑞对主子袁世凯心思摸得很清楚，袁世凯不是真心为清廷打天下，那已被清廷封为一等男爵的冯国璋挂帅出征武汉，虽然连克2城，但伤亡严重。他又居功自恃，急于攻下武昌，即使他能打下武昌，他所指挥的北洋第一军也将拚得所剩无几。袁世凯不召冯国璋，却把他段祺瑞召回京来，必然是袁想利用历代权臣惯用的保存实力、养寇自重的手腕，来保存北洋实力。于是，段祺瑞便引用兵书上的两句话回道：
“攻心为上，攻城为下。”
袁世凯仰头哈哈大笑，竖起大拇指夸道：“知我者，芝泉也！”
袁世凯见冯国璋率北洋军与民军拚命，损兵折将，耗尽实力。冯在攻掠汉口、汉阳时，放火焚烧城市，两城已成瓦砾，湖北民众和民军深恨其人，如仍留这只“冯狗”在武汉督师，不利于实施和平诱降计划，于是便定下以“虎”换“犬”的办法。段祺瑞的回答，正中他的下怀，当下命段祺瑞为湖广总督，统率北洋第一、第二两军，取代冯国璋。
段祺瑞到了湖北，秉承袁世凯旨意，与民军隔江对峙，并派信使往返，秘密进行倒孙举袁活动，深得袁世凯赏识。
袁世凯把冯国璋召回，命他担任禁卫军军统。因为这个职务一直是由皇室最亲信的满族王公担任。冯国璋知道袁世凯这样安排，是为了夺取皇族兵权，作为下一步逼宫后盾，便愉快地回道：“我一定竭尽全力为宫保看守家门！”
冯国璋自从当了禁卫军军统之后，即伪装成与袁世凯政见不同，公开反对与民军讲和，力主组织军队进攻南方，大张挞伐，博得了良弼等一班亲贵的信任，使他得以摸清皇室的情况。
袁世凯又把段祺瑞和冯国璋叫到他的密室，商议北洋军今后的出路，这3个人都认为“逼宫”的时机已经成熟，由袁世凯取而代之的时候已经到来。
