朝鲜受中国文化薰陶最久。举例来说，清王朝统治中国二百多年，在中国全部采用清历，但在朝鲜，除了官书用清历外，普遍的民间记载却以崇祯甲申后第若干年为纪，由此可见中国文化对朝鲜的影响。不幸的是，清朝政府饱受列强的欺侮，已是焦头烂额，所以在对朝鲜问题的处理上，举棋不定，因此朝鲜内部便产生了很多主张脱离清朝自寻出路的主张。在这期间列强也在朝鲜勾心斗角，袁世凯担任对朝鲜外交和商务的重责，实在是很艰苦的。
这时他再度上书给北洋大臣李鸿章，献议对朝鲜问题处理的策略，上策是：“乘朝鲜内敝，而日本尚不敢鲸吞朝鲜，列强亦尚未深入，我政府应立即彻底收拾朝鲜，建为一个行省。”下策是：“门户开放，免得与日本或帝俄正面冲突，索性约同英美德法俄日意各国，共同保护朝鲜。”他的建议应该说是针对朝鲜的困难所作的良策，可惜那时清朝政府除了李鸿章外，大都是庸懦愚昧，对于他的建议便搁置不问。
从光绪十四年（1888年）起，朝鲜便开始蜕变，除了前述的派遣全权大使赴美国和欧洲外，还准备以关税作押向列强借款，朝鲜的外交和关税原来归中国管理，因此朝鲜这样作法，等于是对中国宗主权挑战。当时天主教势力深入朝鲜，守旧派对天主教反对得很历害，煽动人民说天主教徒烹食小儿，由此遂激起民变，攻击教堂，殴杀教徒。俄法美日各国均调兵自卫，袁世凯亦调水师入京城。韩王忽然宣布邀请俄法美日四国的军队入宫保护，这一举措简直是给清朝政府严重的打击。袁世凯一方面请北洋大臣郑重诘责韩王，一方面促请韩王左右的亲华派劝阻韩王，这时美俄两国驻韩公使都把袁世凯看作是一个严重的阻碍。第二年朝鲜派赴美国的全权大使朴定阳返韩，韩王拟派朴定阳外务大臣，这等于宣布外交的亲美路线，袁世凯倾全力反对，可是闵妃则一心一意要实现朴任外相的计划。袁世凯曾请韩臣郑秉夏去报告韩王说：朴定阳是清廷所绝不同意和容忍他出任外务大臣的，请韩王悬崖勒马，不可听小人之言，影响大局。袁知道闵妃在这件事情上最坚持，他无法劝她，乃找到一位闵妃的救命恩人洪在义，请洪去劝阻闵妃，总算达到了目的。至于朝鲜政府企图收回关税的打算，是受到列强的鼓励，以为可以用关税作抵去借外债，因此自行撤换总税务司。这种种迹象显示朝鲜在蜕变，而列强则利用这些情势得寸进尺。
光绪十六年（1890年）朝鲜的赵太妃去世。赵太妃是前王昭宗的皇妃，死时已80岁，她经历了朝鲜四个朝代，代表朝鲜的旧传统，倾心归向中国，很得韩人的爱戴。闵妃虽擅权，但碍于老太妃，还不敢放肆，赵太妃一死，闵妃遂更为猖狂了。她感到自己的丈夫没有定见，时常在和大臣讨论国事时，听从大臣的意见而和她的决定相违背。因此她认为最好能使国王不听政，由她一人擅权，才可为所欲为，因为她最怕的是国王和他父亲大院君重新合作，她知道自己的丈夫和谁接近就听谁的话，所以她尽一切努力阻止大院君父子接近。她对国王说：“赵太妃等于是你的母亲，你应该守孝，不宜亲政，也不必接近大臣。”国王是怎么说怎么好。便乖乖地接受闵妃意见，真的足不出户在宫中守孝。自此朝鲜国事，无论大小全由闵妃作主。闵妃一方面主持政务，一方面把重要的职务完全交给亲信的人接任，倚赖亲信闵周镐，起用已罢黜的朴定阳。原来朴定阳，是袁世凯最坚持要罢黜他的，袁的本意不足罢黜他，还要求朝鲜当局重惩他，由于闵妃维护，乃以永不委任朴定阳担任外交职务为折衷条件。这一宣布才几个月，闵妃又起用朴担任政务。国王也许是在深宫闷得大慌，因此大病一场，闵妃并不为自己丈夫生病而忧愁，反而感到自己可以独断独行而高兴。
清廷接受了袁世凯的要求，对于赵太妃的丧事，给以隆重的祭奠，派遣特使前往唁问，袁世凯抓住了这个机会要求韩王一定要亲自郊迎，以消除外边的谣言。袁这一举措的目的是在重振中国的宗主地位，这时美、俄、日等国公使透过韩臣劝国王只应在宫内接见清使，国王这次倒是有了主见，亲自前往郊迎，礼仪非常隆备，使列强各国为之侧目。
光绪十七年（1891年）袁世凯的嗣母牛氏病危，袁得急电乃请假回籍，李鸿章命袁举荐代理人，袁推荐唐绍仪。唐这时担任龙山理事官，袁给李鸿章的电报说：唐绍仪忠直明敏，胆识兼优，通晓韩情，可当大任。李鸿章批准了袁的要求，于是袁世凯乃兼程返里。他回到乡间不久，牛氏逝世，乃请假100天在原籍服丧。
袁世凯销假赴韩已是光绪十八年（1892年）四月，这时俄人计划从俄境海参崴铺设铁道到韩境元山，日人拟包办由釜山至京城的电线，并建议中国主办义州至京城的电线。唐绍仪反对得很激烈，袁世凯返韩后也完全支持唐的主张，坚持朝鲜的电政是中国主权，不允分割，终使俄、日打算落空。这时朝鲜国库空虚亟需贷款，袁乃命旅韩的粤商同泰顺承办借款20余万给朝鲜，由朝鲜关税中分年偿还本利，禁止朝鲜再以关税去抵押其他债款。
这一时期的朝鲜，国王昏聩，闵妃弄权，官吏贪污，盗匪猖獗，民穷财尽，路无行人，灭亡的命运已至不可避免的境地。在这种情形下，朝鲜又出了东学党起义。
东学党起义给日本造成一个夺取朝鲜的机会，也促成中日的甲午战争，对于东方近代史，是很重要的。
东学党是一种半宗教性的会党组织。什么叫做东学党呢？它是合儒释道为一体的东西，它是朝鲜保守旧势力对抗西方势力的一种民间组织。它的立意既然是对抗西教，所以自号东学。它的酝酿经过了若干年，其情形极似后来在中国发生的义和团。开始并不叫做东学党，直到一个崔时亨的人出来替天行道，东学党才盛行朝鲜。崔时亨是朝鲜全罗道东阜系人，自号“纬大夫”，摘选佛老断章片句，自成一家，辗转传授，信徒日多，饥民揭竿相从，公然要攻城略地。朝鲜政治腐乱，财政困难，军队粮饷不发，当然无心替王室作战，崔时亨率领东学党乘机起义，占领了全罗道，转攻忠清道，所向无敌，气势很盛，在全罗道有兵团千余名悉数被歼，韩廷派遣洪启薰率兵进讨，兵将都不用命，韩廷中有大半数主张请袁世凯代为征讨。袁认为必须依条约邀日本共同出兵，所以一面电北洋大臣陈述意见，一面为韩廷划策，建议用兵方略。怎知这时朝鲜民心士气都已失尽，兵不听命，将皆丧胆。北洋方面获知朝鲜东学党起义，乃派兵船一只，载精兵二三百人登陆仁川，另派提督叶志超率一千多人为后援，可是日本兵舰已载日兵七千余分向仁川、釜山登陆，在所有战略要地布防。东学党见中日均有大军到临，遂纷纷作鸟兽散，中日远征军均未发一枪一弹而东学党即已溃散。乱平后日军仍驻扎各重要地带，袁世凯看出日本别有用心，因此亲往访晤日本公使大鸟，对大鸟说：贵国大兵已至，中国先头部队虽少，继续还有大军增援，现在乱党已平定，中日两军如留驻朝鲜，可能因细故而生隙嫌。万一发生事端，必导引欧美各国派兵来韩，这样一来不止是朝鲜的灾难，亦对中日两国均不利，为今之计不如贵我两国同时撤兵。大鸟则对袁答复说要把袁的这番话报告日本政府，其实这不过是拖延策略。
清廷运兵至朝鲜的军舰名济远舰，管带（即舰长）方伯谦率舰泊仁川港口，见日本军驻仁川的一天比一天多，深恐万一发生纠纷众寡不敌，为日军所乘，因此通知袁世凯后径行移船先去。清军一退，朝鲜京城和仁川到处都是日兵，中国旅韩商民纷纷迁避。日军咄咄迫人，袁世凯坐困朝鲜。他奉李鸿章的命令是继续敦促日方撤兵，可是在那种情形下，日兵如何会撤呢？袁因此密电北洋，请急调南北洋水师来援，同时集中陆军驻防东北，以应缓急。并且请欧美驻华使节出面调解，可是一切都太迟了，日本抓住了这个机会，决心吞吃朝鲜，即使与清朝一战也在所不惜。
日本在朝鲜既不理会清廷要求同时撤军，相反的还陆续增兵挑衅，而在国际上则由外相陆奥重光提出一个中日两国共同改革朝鲜内政的建议。日本这个企图是看准了中方不会接受日本在朝鲜和中方站在同等地位共管朝鲜，只要中方不接受日本提议，日本便找到了翻脸的机会，借此独断独行。
果然，清廷的答复依然还是要日军先撤出朝鲜才有谈商的余地，而日本则厚着脸皮，横蛮地坚持先要讨论改革朝鲜内政问题，待这个问题有了具体结果，才能撤兵。
清政府中有头脑应付中日问题的，只有李鸿章一人，李鸿章当时应付国际局势的策略是“以夷制夷”。这个策略不一定是最好的策略，但在当时的情势，也只有这一着棋。所以日本在朝鲜问题上向清廷摊牌，李鸿章知道无法与日本诉诸战争，乃转而希望用俄国对付日本。因为俄国对朝鲜也有兴趣，也已插手，自然不愿见日本占有特殊利益，因此李鸿章便透过俄国驻华公使喀西尼，希望帝俄出面干涉，或由帝俄联合英美法意各国，制止日本的野心。可是这时日本也向帝俄及欧美各国积极活动，解释日本的目的是在改变朝鲜的现状，清除朝鲜的反动势力。各国鉴于朝鲜排外分子的过分顽固，对于日本的话也能接受，同时日本并向帝俄保证它对朝鲜没有领土野心，决不侵占朝鲜领土。这样一来，李鸿章所凭借的一张王牌便打不出来了。当中日面临决裂，李鸿章一再催促帝俄出面干涉时，帝俄的回答是：“俄国只能以友谊劝日本撤兵，不能相强”。于是李鸿章想透过国际干涉以阻止日本在朝鲜的野心这一计划便落空了。
对于在朝鲜所发生的中日纠纷，清廷上下都很激动，愚昧的清廷朝野面对日本明治维新以来的进步竟是茫无所知。大家觉得若干年来受够了英法等国的欺凌，一股怨气无处发泄，如今还要受东洋小鬼的气，实在是“是可忍，孰不可忍？”因此当时主张对日强硬，对日宣战的呼声高达沸点了。
了解当时清军无法和日军一战的，只有李鸿章。李鸿章自同治十三年（1874年）日本侵袭台湾起，就主张以日本为假想敌扩充海军。光绪十四年（1888年）开始，海军经费就被挪用来修建颐和园，以作西太后晚年休憩游乐之地，海军从此即未添置新舰。中日甲午之战爆发前六个月（1894年2月），北洋海军提督丁汝昌请求改装铁甲船镇远与定远上的大炮，需银61．3万两，可是海军衙门一文不名。这年四月李鸿章主持海军大校阅，发现中国的海军全无新舰，既无法和英美法俄的海军比，也无法和蕞尔小邦的日本比。对日作战需要海军，海军既然如此，怎能宣战呢？
当清廷对日本和战的争论还未一致，日军已大举进驻朝鲜了，袁世凯一再向李鸿章请示方策，李鸿章所能指示的也只是命袁谨守岗位，引据条约促日本撤兵。除了这样指示而外，毫无实际支援。可是弥漫整个中国的，是一片战争的呼声，因此袁世凯致电北洋大臣，他坦直地说：“倘若朝廷决定对日作战，则请先撤回在韩的使署人员，世凯以一身报国，无所恇畏，但恐有辱使命，有损国威。”
袁世凯这时的处境的确很艰难，因为东学党人对袁不好，认为袁帮助韩政府对东学党强施压力，主张用兵，所以在东学党高涨的时候，一部分党人竟想暗杀袁世凯，使得袁在这一期间不敢出使馆大门一步，使馆等于被禁困，柴米油盐都很缺乏，许多职员看见情势不佳，都托故潜遁。等到日兵大举入韩，东学党虽已敛迹，可是朝鲜的亲日派拥大院君出场，朝鲜的亲日派当然是反袁的。大院君不忘旧仇——当年壬午之乱，袁助吴长庆捕捉大院君送至保定一段住事，因之恨袁入骨。而日本巴不得利用朝鲜人把袁除掉。迨日兵进占朝鲜京城后，遂公然派兵架大炮于袁世凯的使署前，炮口指着使署，于是朝鲜京城内外谣言纷起，人心惶惶。
袁被困在朝鲜使署，幸得他在朝鲜所娶的第三姨太闵氏力予照应。袁在家乡已娶元配于氏，其后又在陈州讨过一位二姨太，在朝鲜时期，由唐绍仪的介绍，娶了这位朝鲜佳丽闵氏。这位闵氏夫人得侍清朝的钦差大臣，自也满心乐意。当东学党起义，袁处境危难，心情也十分恶劣；由于袁少年得志，在朝鲜一帆风顺，一旦遇到逆境，实在很烦恼。闵氏夫人侍袁体贴照料，尤其因她是朝鲜女子，出入使署不受人注意，所以袁对外的连络便多借助这位如夫人了。
袁的处境不知是李鸿章不知道，抑或李鸿章不关心，当中日两国已面临最严重的关头，加上朝鲜亲日派和大院君宣称要砍袁的脑袋的时候，李鸿章仍旧对袁的进退不作决定，袁虽多次电请北洋指示进退，亦没有结果。这时袁乃求助于张佩纶，张正在天津，乃把袁的处境详详细细地报告李鸿章，李这才决定电告总理各国事务衙门，要召袁世凯下旗归国。
清廷根据一项事实召袁返国——那是由于日军进占朝鲜京城后，亲日派在日军支持下进据王宫，胁迫朝鲜国王发表一项声明：不承认朝鲜是大清的属国，宣布朝鲜已独立自主，废除中朝之间的一切条约。
袁世凯在光绪廿年（1894年）六月十五日下旗归国，离开曾得意了12年的朝鲜。他的职务由唐绍仪代理。
