袁生前由于洪宪称帝而和他所培植的北洋军阀发生严重的矛盾，特别是袁、段之间的矛盾，几乎达到了快要破裂的程度。可是袁一死，段近水楼台继承了北洋军系的领导地位，他对袁的怨恨也立刻化为乌有。不只没有了怨恨，他还极力地对袁表示了极大的尊敬。因为段要以北洋军系正统的继承人自居，他就必须要保全封建的传统，他对陈树藩的优予安排也是基于这个理由。
段的这套手法，就像袁对逊清王朝一样。段一切都师承袁，所不同的是：袁采取了总统制，集大权于一身，以后还想当皇帝；段则采取袁当年所反对的责任内阁制，段以内阁总理而集中事权。他捧黎当总统虽说时势所迫，也是一种很好的手法，因为黎不是北洋派，黎当了总统，北洋派的人都要防他，为了防黎，自然而然只有团结拥段了。
袁世凯之死，只是死了一个北洋派的老祖宗，他的得意门生和化身，却是无数个袁世凯活在世上。
段取代袁而为北洋派领袖后，北洋派便不像袁在世之日那么完整，以后的日子是北洋派逐渐走向分裂的局面，首先是直系和皖系，以后是南北战争，北与北战争。这一幕历史很像东汉末年董卓死后，他的凉州军阀们纷争的局面，它留给人们是无比的恶劣印象。倘若民国初年没有这一幕，而是蓬勃建设，中国怎会是今天这个样子呢！
袁世凯死后第二天，陕西都督陈树藩就宣布取消独立，他发表通电如此说：
“袁大总统既已薨逝，陕西独立应即取消。树藩仅举陕西全境奉还中央，一切悉听中央处分。维持秩序，自是树藩专责，断不敢稍存诿卸，贻政府西顾之忧。抑树藩更有请者，独立虽共九省，而袁大总统之薨逝，实在未退位以前，依其职权，究属中华共戴之尊，溯其勋劳，尤为民国不祧之祖。所以饰终典礼，拟请格外从丰，并议定优待家属条件，以表我国民未尽之思。此外关于大局一应善后事宜，退请随时安示遵行，至深感祷。”
他的这个行动，段很满意，认为值得鼓励，于是在6月10日发表命令，任命陈树藩为汉武将军督理陕西军务。从此陈树藩便成为北洋附属军人了。
陈的取消独立电受到北洋派以外全国各阶层的憎恶，国民党领袖之一的于右任打电报质问陈：
“阅公阳电，使人发指。陕西独立，取名护国，自当与西南首义诸省取一致行动。今袁氏朝死，暮即取消独立，且殷殷推袁为共戴之尊，不祧之祖，是则陕西何必独立，独立岂非叛祖？尤异者，请对袁氏饰终典礼从丰而外，又请定优待家属条件，试问袁氏遗产岂少，何待越俎代谋？军兴以来，战地人民死者不下数百万，此等家属，更谁恤之而谁怜之？”
第二个取消独立的，是四川都督陈宦，他是于6月8日宣布，并有电给北京国务院，电云：
“川省前因退位问题，与项城宣告断绝关系，现在钧座既经就职，宦谨遵照独立时宣言，应即日取消独立，嗣后川省一切事宜，谨服从中央命令。除通告各省外，伏乞训示祗遵！”
他之出此也有出的理由，因为他接到黎元洪的策士蒋作宾、金永炎、哈汉章三人发来的密电，以乡谊来劝诱他，现在大总统是湖北人，湖北人应该捧湖北人，如果四川能为西南各省倡导，对当前局势是有贡献的。这些话很能行动陈，何况陈和黎还有一段共事之谊，便是陈未出京前，担任参谋次长，黎则是挂名的参谋总长，黎、陈因为有同乡之私，所以相处甚洽，由于既是同乡又曾同事，陈也觉得应该捧黎的场，所以他未和蔡锷和护国军方面联系，便通电取消独立。
陈这一着却错了。他讨好黎，却不知黎是个无权无实的光杆总统，有实权的国务总理段祺瑞对陈宦却极不谅解，这是为了陈宦宣布独立时的通电中，亲笔加了一句“与袁氏个人断绝关系”一句话。陈当时卖弄聪明，认为袁垮台已属必然，和袁个人断绝关系并不是和北洋系断绝关系，可是这句话在段看来则完全不可宽恕，段很重视道义的，他对“公”、“私”两字的界限划分得非常清楚。段认为凡是受过袁私恩的人，在公的立场上反对帝制则可，在私的方面叛袁则不可，叛袁是忘恩负义，是北洋系的叛徒，段正以北洋系正统领袖自居，他觉得昨天你可以和袁断绝一切关系，明天何尝不可以和我断绝关系？这种人还可以用吗？这是段觉得陈不可用的第一点。其次是陈之取消独立，不是因为段的促成，而是响应黎元洪左右策士（段认为这些人都是小人）的指使，表示对黎的忠诚，这是叛离了北洋系，更是和段利害冲突的。第三是在交往方面，陈宦过去和段相交甚浅，自陈宦督川后，陈一直是和冯国璋相呼应，冯正是和段争夺北洋系领袖的两大对头。四川未独立前，陈宦和冯国璋亦步亦趋，曾派代表到南京联络，而陈下面的旅长冯玉祥也曾派代表向蔡锷建议，在袁下台后拥冯国璋为总统，蔡对此未表示意见，但曾把这个建议转给西南护国军参考。而陈也秘密向蔡建议，在袁下台后实行联邦制，推冯国璋为联邦总统。陈的这些意见段当然也知道，所以段对陈非常不满。
由于有以上因素，所以陈宦宣布四川取消独立后段对待陈宦并不像对待陈树藩一样，并不派他为四川将军和督理军务，这一来陈的处境就非常狼狈，他因取消独立，自然不能再称四川都督，而北京政府又不给他督理军务，他于是两头落了空。
早在陈宦宣布独立时，袁世凯就在四川放了一把火，他提升川军第一师长兼重庆镇守使周骏为重武将军督理四川军务，令他率军进驻成都，驱逐陈宦。
袁死后，段继续这个计划，他授意北洋军驻川统师曹锟暗中支援周骏，叫他继续进兵成都，夺取四川西部。周骏有了后台撑腰，勇气百倍，他派兵进占永川、隆昌、内江。并派旅长王陵基率兵五营进抵资中，截断成都叙府之间的联系。同时周骏喊出“川人不打川人”的口号，以博取护国军方面的川籍将领刘存厚、熊克武等的同情。
当陈宦在宣布独立时，曾取得蔡锷的保证，护国军方面承认维持陈的都督地位，必要时派兵支持陈，以应付复杂的四川局势。所以在周骏进兵成都时，陈宦便接二连三地向蔡告急。由于陈宦已取消独立，护国军和蔡锷都没有一定要援助陈的义务，不过周骏在四川停战时接受袁的重武将军任命，等于是执行袁的任务，护国军是反对的。同时周骏口口声声川军要联合对付滇军，挑拨川、滇军的感情，蔡锷在责任上自不能不制止。
然而蔡锷的实际处境是如何呢？他的喉结核症已非常严重，几乎讲话都讲不出来，他又是一个遇事躬亲的人。过去半年他不仅忙于指挥军事，还要自己处理文书，他手中这支护国军只是一支又疲又困，饷械两缺的孤军。他责任心很强，这时袁虽作古，可是四川问题依然严重，他深觉自己不能撒手不理，但如果要管，就需要增强军力，所以他电请唐继尧补充兵源和武器。就在这时候，陈宦求援的电报接二连三地到达，他在万难中只好非常勉强地抽调刘云峰一个梯团，经由叙州开到自流井，等候兵力集结后，再向内江和资中出击。
陈宦自己统率的北洋军共有三个混成旅，一个是李炳之，这时在重庆已被曹锟扣留。一个是伍祥桢，一个是冯玉祥，伍、冯两人都在成都，却不肯替陈宦卖力。陈一再哀恳，冯玉祥才勉强的派新编杨志澄一旅到简阳外围布置防线，遇到对方王陵基的部队，未经战斗就溃了下来，王陵基经龙泉驿直逼成都。陈宦被迫向周骏乞和，约定一个星期内交出成都，周骏则限陈三天内缴械投降，否则用大炮轰城。
这时唐继尧派来的增援军已兼程赶到了四川。6月25日蔡锷派罗佩金率领新到的顾品珍梯团增援成都，一面电请北京政府制止周骏攻城。可是一切都太晚了，陈宦让成都的限期已到，他于25日凄然离开了成都，变成了逃亡将军。
第三个取消独立的是广东。广东都督龙济光于13日电达中央，内称粤东独立已于6月9日取消，其文云：
“北京国务院段相国钧鉴：我公总秉国钧，再造共和，旋乾转坤，重光日月。济光已于青日率属开会庆祝，上下胪欢，军民一致，即日取消独立，服从中央命令，惟粤省党派纷歧，诸多困难，俟部署周妥，再电驰陈。龙济光叩。”
段复电优奖龙济光，说他：具有世界眼光，急谋统一，热诚爱国，深堪嘉慰。该省善后事宜，统由该上将悉心筹画，妥为办理。
