直、皖两系是为了湖南战争问题而公开分裂的。湖南局势如何呢？自北军退出长沙后，湘军第一师师长赵恒惕便进入长沙，他抵长沙后，就接到湘军总司令程潜的电报，令他扫径以待联帅，这所谓的联帅，便是湘粤桂联军总司令谭浩明。接着程潜抵达了长沙，于6年11月24日接任湖南省长。可是谭浩明也有电报叫他：“勿得擅有建立，致涉纷歧。”12月8日程潜解除湖南省长兼职。12月12日谭浩明到长沙，18日宣布“暂以湘粤桂联军总司令名义兼领湖南军民两政事宜。”
谭延闿在傅良佐入湘时被迫下台，下台前他就作了准备，等桂军援湘，骗逐北军出境，他就可以复职。原来桂系军阀一直是支持谭延闿的。赵恒惕是湘军将领拥谭的，而当时的省议会也以拥谭议员居多。赵恒惕先到长沙可能支持省议会电请谭复职，或是再选举谭为督军。程潜来电制止不许发布任何名义，以及程后来抵达长沙不做督军而做省长，就是因为要留待“联帅”谭浩明入省后决定。不料谭浩明入长沙后，竟毫不客气地“兼领湖南军民两政”。这表示桂系想把湖南并入他们势力范围内。当时的情势，湘军内部不和睦，湘、桂军之间也不和睦。
桂军为了保全两广的门户而援湘，打起仗来，湘军在前，桂军在后，占领长沙后，湘军主张乘势夺回岳州，桂系则主张以占领长沙为止境。当时岳防司令是王占元所属的第二师师长王金镜。桂系认为进攻岳州就会破坏直、桂两系的同盟关系，可能引起北方直、皖两系由分而合。不进攻岳州却可利用直系牵制皖系，由此达成与北方的和平妥协。这当然和湘军意见相反，湘军认为不夺回岳州，就守不住长沙，桂军不肯支持湘军夺回岳州，显见桂系的援湘不是为湘人打算。桂系的“联帅”谭浩明不仅不听湘军意见，且与驻守岳州的北军王金镜签定了各守原防的互不侵犯协定。
湖南人民纷纷要求驱逐北军全部退出湖南，湘军也一再请缨，要北攻岳州，谭浩明为之颇难应付，因此电请直系四督转达北京政府撤退岳州的北军，其实直系四督早已破裂，因为直隶督军曹锟已是征南军统帅，桂系不是不知道，不过这样做法是为了敷衍湘军。
这都是督军团在天津举行会议以前的事，这时冯国璋还想促成南北和议，责成李纯直接与陆荣廷接洽，主张湖南先行停战，南军不进攻岳州，北军也不反攻长沙，暂以七旬老人刘人熙为湖南督军。一切问题留待和平会议解决。冯暗示这是他所能为力的最大限度，否则他就无法阻止皖系的进兵。
桂系催促冯国璋下停战令以期实现和平。冯则迟迟未予答复。11月26日陆荣廷首先下了停战令，28日谭浩明据以发表，不许湘军继续前进。陆荣廷又致电直系四督谓：“已饬前方停战，请极峰（指冯）速下停战令。”
冯的停战令为什么没有发表呢？原来冯的停战令早已拟就，忽然接到督军团在天津开会的消息。随后曹锟等十人联名电冯，要求对西南下讨伐令。这样一来，停战令当然无法下达，12月冯下了一道命令，既不是停战令，也不是讨伐令，却是再任命谭延闿为湖南省长兼署督军。
主战派对冯的命令置之不理，仍然积极安排军事行动，冯乃告诉段芝贵，要大家静候中央决策，采取一致行动。可是主战派却说：只有下讨伐令才能取得一致行动，如果不下讨伐令，我们也要进兵。
6年12月15日冯国璋邀请段祺瑞和王士珍到总统府举行会议，这北洋三杰面和心不和，冯希望大家能取得一致意见，避免北洋派分裂。段祺瑞表示除了下讨伐令而外，别无他法。王士珍则两面敷衍，不作左右袒，完全打高空。冯本以为在会议中可以联合王士珍说服段祺瑞，怎知王士珍太滑头，结果反被段所吓倒。
12月16日，冯国璋发表电令，派曹锟、张怀芝为第一、第二两路总司令。这个人事命令，不以命令发表，而以电令发表，是冯避重就轻的办法。冯认为总统命令不能出尔反尔，而电令则随时可以变更。这样便可以敷衍主战派，而南方也可曲谅。其实不下讨伐令而派出两路讨南的司令，真可算做大笑话。
冯的电令发表后，曹锟和张怀芝立刻要求发给南征军费200万元。各省军阀也在对南用兵的大帽子下纷纷催索军饷，截留税收，招兵买马，以扩大自己的武力。冯对主战派逐渐让步，6年12月18日又特派段祺瑞为参战督办，特任段芝贵为陆军总长。同一天并下一道手令，以后关于参战事务均交参战督办处理，不必呈送府、院。冯的私意这样一来便和段划分了势力范围，对外问题交段处理，对内问题由他主持，希望彼此各得其所，和平相处。段为什么乐意做参战督办呢？因为他深知督军团是一种利害结合，张勋复辟前车可鉴，如果他自己无可用之兵，则一切是空的，做了参战督办，就可暗中建立自己的军队，利用日本军械和借款。
段祺瑞就任参战督办后，督办公署正式成立，以靳云鹏为参谋处处长，张志潭为机要处处长，罗开榜为军备处处长，陈箓为外事处处长，卫兴武为副官处处长。并聘各部总长为参赞，次长为参议。这个督办公署是内阁以外的一个政府，事实上段并不是对出兵国外作战有兴趣，而是想利用出兵之名编练一支可以由他自己控制的参战军。正好像当年袁世凯在洪宪时期编练模范军作为自己的新建武力，今天段想编练参战军乃是为自己建立嫡系部队。要知道，中国对德国是宣而不战，世界上岂有先宣战，然后才训练参战军的？
至于冯国璋本意是要把段祺瑞的权力限制在对外问题上，可是结果适得其反。参战督办并不隶属内阁，他的一切决定可以直接发交有关各部办理，对内可以发号施令调动军队，对外可以凭借这个机构直接取得外援。结果依然抓住了军政大权。因此自这个参战督办公署成立后，内阁便名存实亡，冯想剥夺段的权力，和逐段下台的一切努力都化为乌有。
据说直系和桂系之间曾有密约，就是直系在北方推翻段内阁，桂系则在南方推翻护法的军政府。直系在北方取消临时参议院，桂系则在南方取消非常国会。然后南北合流召集新国会，新国会推举冯国璋为大总统。这是直、桂两系政治勾结的如意算盘。
在段内阁垮台后，直系并不能掌握北方的局势，天津会议让主战者气焰高涨，这一来，桂系对于取消广州的护法军政府和非常国会便不能不有所观望。
冯的处境左右两难，因为主战派威胁叫嚣着要他对南方下讨伐令，而桂系则催促他下停战令。他在两难中想出一条妙计，他密令李纯电劝陆荣廷取消两广自主，由于两广取消自主，主战派便师出无名，这样就可以进行南北和局。
桂系鉴于段内阁名倒而实不倒，同时主战派杀伐之声不绝于耳，因此坚持北京政府先下停战令作为北方不进攻南方的确切保证，然后召开南北和会以达成南北统一。陆荣廷向李纯表示：只要北军退出岳州，桂军也可以从湖南撤退回粤。
冯为了表示对桂系的让步，12月21日下令任命李静诚为广西省长。这也是将顺陆荣廷的意思，李静诚是广西督署的参谋长，陆有意升他为省长，冯即先期发表。李静诚向北京政府保荐张德润为政务厅长，这表示桂系已经事实上取消自主了。
直系、桂系之间所争的，是先后问题，直系希望两广先取消自主，然后北京政府下停战令。而桂系则希望北京政府先下令停战，然后两广再宣布取消自主。
桂系不但先下了停战令，还间接表示了不继续作战。“联帅”谭浩明在答复汉口和南昌两个商会的电报中特别强调和声明南军决不侵犯湖北和江西。
直系的湖北督军王占元为了配合桂系的行动，也请求北京政府准其调回第二师，以新开到岳州的第十一师师长李奎元接任岳防司令，这些都表示直、桂两系的合作关系正在积极加强。
冯国璋前已发表了一则青电，表示他也是一个主战派，他说：“前因湘事失败，欲利用停战之名，腾出时间以筹军备。”并以大元帅名义电令各军分途出发。这个期间北洋派大家是在兜圈子做文章，直系是“寓战于和”，皖系是“寓和于战”。
12月26日冯忽然下了停战布告，使主战派为之相顾失色。不过他仍然是在公文程式上绕圈子，一方面向桂系表示接受了他们请下停战令的要求；另一方面又向北方主战派解释停战布告与停战令有区别，停战布告不是正式文告，随时可以改变。他把“停战布告”说成是“武装和平”，如果南方不听话便仍然进行讨南军事。
桂系对冯国璋的停战布告感到满意，陆荣廷建议推岑春煊为南方议和总代表，希望北方也推出议和代表来以便举行南北和议。12月28日，陆荣廷有勘电致西南各省，声明他对国会问题无意见：“请从多数取决，但期早日召集”。在这电报中，护国、护法早已抛到十万八千里之外。这个电文并未打给孙中山。
12月31日主战派曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡山、陈树藩、杨善德、赵倜、孟恩远、鲍贵卿、李厚基、姜桂题，田中玉、蔡成勋、卢永祥、张敬尧等16人发表世电，坚决反对恢复旧国会。认为：“旧国会两次召集，两经解散，成绩无闻，名誉失坠，万无恢复之理。请我大总统敦促参议院迅将政府提出之选举、组织两法克日议决施行，以为召集新国会之张本。”这个电报是对冯示威的，因为冯打算在南北统一实现，旧国会与临时参议院同时取消之后，根据旧的国会组织法与两院议员选举法，进行新国会的选举，再由这个新国会进行总统的选举，而新国会的选举，皖系是无法加以控制的。
皖系反对恢复旧国会，反对南北和议，企图用临时参议院制定新的国会组织法与两院议员选举法，利用南北不统一的局势，一面在北方进行新国会的选举，一面用指派的方法包办西南五省的选举。因此“政治倒冯”与用兵西南是相辅相成的。
直系对于主战派皖系的16人联名世电，予以反击，由发出支电（民国7年1月4日），主张解散临时参议院，1月12日冯同意一俟临时参议院通过《关于国会组织法的修正案》，即可进行新国会的选举。
直、皖两系由主和、主战的争论，蔓延到对国会的争论。
那位一无作为的王士珍总理面对着南北复杂局势为之摇头，他觉得，这年头不独对南疏通困难，对北也难疏通，他乃向冯求退，冯说：“我也干不了，要走我们一起走。”
“走”，也不是一件容易的事。政治的可怕就在于此，政治火坑跳下来就不容易脱身。尤其是在北洋时代，像袁世凯这样老奸巨猾，强项刚毅，坐上了总统位子，都脱不了身。像黎元洪那样能够忍气吞声，柔和庸懦，仍是成为高级政治俘虏，因此冯国璋又何能例外？
主战派以行动来答复主和派，曹锟派吴佩孚率领第三师由京汉路南下，会合张敬尧的第七师，通过湖北进攻湘北；张怀芝派山东暂编第一师师长施从滨率部由津浦路南下，会合倪嗣冲所抽派的安武军二十营，通过江西进攻湘东。不过这两路人马都必须经过长江三省，长江三督既然主和，主战派兵马假道自然受到阻挠。
江苏督军李纯、江西督军陈光远都嗾使地方团体通电呼吁和平，拒绝客军假道。湖北督军王占元处境比较困难，因为湖北既靠近湖南，又毗连四川，是主战派进攻西南的主要路线，而湖北境内既有北军，又有南军，所以王占元不能露骨采取拒绝客军的态度，因此王授意湖北团体在呼吁和平的电报中，附带表示，如果战争不可避免，应将武汉三镇划在战区之外。
主战派认为李纯是长江三督之首，是直系的第二把交椅，乃集中攻击李纯，骂李是破坏北洋派的一个败类。其中骂李纯骂得最刻薄的，是李纯一手提拔出来的张敬尧。张平素在电报中称李为“秀帅我夫子”（李纯字秀山），现在张竟造谣说：“非常国会将移南京开会”。气得李新年不见客。并在1月11日正式向北京政府辞职，且举督署参谋长齐燮元代理。
李纯这时手中添了一张王牌，是冯玉祥，冯玉祥一旅是在段内阁倒台后由廊房调往福建用以进攻广东的，可是到了浦口后就停留不进了。冯玉祥的舅父陆建章是直系倒段的幕后人物，这时也到了南京。江苏督军李纯电请冯国璋准许留冯旅在浦口，拔归李自己节制调遣，这是准备在必要时以武力阻止第二路军南下的主要步骤。
“南征军”第二路军施从滨师由津浦路开到滁州，果然就被驻防浦口的冯玉祥阻止他们前进。这是一个新的紧张情势，全国各方面注意力都集中在浦口，因为如果施从滨真的继续前进，战争就会爆发，这个战争却是北洋派内主战派和主和派的战争。
主战派的皖系，这时既要讨伐南方，又要对付北方的主和派直系，使得皖系军人群情愤激。7年1月8日，以曹锟为首的督军团又在天津开会，有人建议惩戒李纯和陈光远，不过未获一致协议。冯耽心主战派日趋极端，乃秘密关照李纯：
“各方集兵于宁，希补救远嫌。”李才有辞职电发出。
这一期间北洋派的占领区内也起了一些骚动。6年11月25日浙军旅长叶焕章、宁台镇守使顾乃斌在宁波宣布自主，推蒋尊簋为自主军总司令。12月1日湖北第一师师长石星川在荆州宣布自主，16日湖北第九师师长黎天才在襄阳宣布自主。7年1月4日，河南民军首领王天纵在汝州宣布自主。宁波的独立，由于浙军内部不合作，浙军第一师师长童葆暄派兵在隔江曹娥开了几炮，自主军将领就逃走了。
荆、襄两地的自主军推黎天才为湖北靖国军总司令，石星川为湖北靖国军第一军军长。荆、襄自主使王占元的地位发生极大的困难。他是南北调人之一，不肯与西南为敌，可是在他的辖境内发现了与西南采取一致行动的自主军，又不便置之不理，因此他心平气和地劝告他们取消自主，并且保证不向他们发动军事进攻。自主军除了反对北京政府外，对王占元也并未加以恶言。
王占元虽然不对自主军进攻，可是湖北西部还有另一支属于皖系的军队，那就是由四川败退到宜昌的吴光新军。吴光新在四川打了败仗，很想收复荆、襄，立功赎罪。吴光新的力量并不强大，可是荆、襄两地自主军在地形上互相隔离，并且各自为政，互不相下，这样便予敌人以可乘之机。王占元自己不愿进攻自主军，也不愿假手别人，尤其是吴光新，因为倘若吴光新剿平了自主军，则对他有极大的威胁。不过他不能公开反对吴光新对自主军的进攻，因此王处于十分尴尬的地位。
河南汝州的自主更增加了问题的复杂性，河南督军赵倜虽名列主战派，可是他不是北洋派的正统，汝州在河南西南部，与湖北西北部襄樊毗连，如果两个地区的自主军合流，对赵倜也是一种威胁。
荆、襄自主给桂系带来了烦恼，尤其是援湘的联帅谭浩明，因为湘西的民军纷纷要求开往鄂西和自主军打成一片。而自主军又是和西南方面打成一片的，谭浩明没有理由予以拒绝。可是湘西民军开往鄂西，便是对王占元的一种敌对行动，王占元是北洋派中的主和派，因此他又不能不竭力加以阻止。他致电北京政府说：“如果北军攻荆、襄，则南军也会进攻岳州。
这时，直军第三师已经开到广水，准备进攻湖南。由于北方主战派和主和派在对南问题上展开了激烈的斗争，曹锟也有所顾虑，想把军队在湖北停留观望一下，再作行止。于是曹锟、赵倜、吴光新便进行会商，他们决定在进攻湖南以前先消灭荆、襄自主军，同时请王占元派兵协助，以便摆下一个四面围攻的阵势。王占元对这计划无法拒绝。
荆、襄两地自主军统师黎天才（湖北靖国军总司令）的形势并不利，当地驻军旅长张联升不肯附和，率领所部移驻南阳。湖北靖国军第一军长石星川不愿屈居黎下，竟和黎分了家改称护国军，企图向谭浩明靠拢。黎天才因之日陷孤立，加上王占元不断用劝告方式请他放弃自主，他于是把策动这次自主的前鄂军第八师师长季雨霖、旅长关龙予以逮捕，并且加以杀害。这一来荆、襄自主军的活动变成昙花一现，不待北军进攻已成土崩瓦解之势。
