在北军进攻岳州前夕，桂系不知怎的，谭浩明竟丝毫未做作战准备。南军的部署是：湘军赵恒惕师在岳州，刘建藩部在平江，桂军马济、韦荣昌、陆裕光等部则在湘军的后方作总预备队。这种部署表示桂系对于抵抗北军根本没有决心，不止是没有决心，而且还有私心打算在这场战争中，胜了既保全实力又有战功，打败了则先退却。
如果说桂系懂得政治，会利用政治矛盾，倒是很正确的，自民国5年倒袁以来，陆荣廷统治广西，兼及广东，一直是用政治手段。他对北方是采取联冯抗段的策略，利用直系牵制皖系。他所希望的，是制造直皖矛盾，扩大他们的矛盾，达到北洋分裂和直皖战争，如此桂系即可坐收渔人之利，所以他不愿意真的打仗，尤其不愿桂系首当其冲和皖系作战。桂系最好“坐”以待变，“拖”以求变。
当北方主战派抬头，皖系已经挥军南下时，桂系知道湖南战争无法避免，认为湘军和桂军无法抵抗北军，这是场没有希望的战争，因此桂系的决定是尽量保全桂军的实力，战争爆发时，宁可让湘军在前线，桂军则设法在必要时安全撤退，保存实力。
北军两路进兵湖南，长沙和岳州腹背受敌，南军在抗御北军的形势上十分不利。这时，桂军早先唱出湖南是两广门户的论调也放弃了。桂系的消极态度，让湘军士气受到严重的打击。早在南军进占岳州时，湘军将领就主张乘胜进攻武汉，至少也应占领鄂南一带有利地形作为岳州的外围据点，可是谭浩明下令不许入湖北一步。当北军南下时，南军作战形势非常不利，而更不利的，是桂军准备不战而退，湘军不能单独作战。同时桂军歧视湘军，无论在军火和军费上，桂湘军的待遇都不公平，这也是让湘军愤愤不平的，因此湖南战争还没有开始，南方弱点已经暴露出来了。
南军放弃岳州时，属于桂系的南军联帅谭浩明还在长沙向商会逼索军饷，并且布告说：“岳阳小挫，军事之常，本帅坐镇，自有主张。”
7年3月25日，长沙城内才发现这位自有主张的联帅已经先一日开溜了。湘军上级军官也不知下落，顿时长沙陷于无政府状态。长沙在过去数年已经有过好几次“易手”的经验，每次南北军“换防”时，中间总有一个真空时间，在那空档中，长沙的团体总是要组织一个维持会之类机构，可是这次却因为风闻张敬尧军杀掠过甚而让地方上有资望的人裹足不前。同时前方一批一批士兵退下来，没有人照料，既找不到长官，又找不到食宿之所。疲困饥饿，怒火中烧，一时愤无可泄，就向长沙城内各商店和住宅大肆抢劫，先在八角亭、黄道街、坡子街一带商业中心抢掠，随后遍及全城，一批去了，一批又来，致使商店关门，街上罢市，许多商店门外都贴了这样一张声明：“本店被劫一空，无货应市。”长沙市民这次对于保卫他们的湘军失望达于极点。
3月26日，直军未遇抵抗进入长沙，吴佩孚攻下长沙后，向南军直追，径扑湘潭，把长沙交给了残暴的北军第七师师长张敬尧。
原来，张敬尧一直未上前线，他在岳州攻克后才到九江督师，一路上勒索巨款，干涉民财各政，军队抓伕，要花姑娘，外国记者所发电讯如此形容：“此辈剿匪不足而剿民则有余。平江兵劫，即为该部之所为。妇女投河自尽者颇多，南北之见过于敌国，因仇南军而仇南人，湘人如被征服之民。随营北人多为徐淮间积盗，与北兵坐地分赃，惟第三师则无之。”
北军占领长沙后，分为三路向前推进：中路直军进攻衡山、衡阳，右翼第七师进攻湘乡、宝庆，左翼第二路军进攻醴陵、攸县。直军在吴佩孚指挥下本来进军神速，攻势锐猛，可是慢慢地就迟缓下来，这当然因为政治原因，第一是曹锟和徐树铮之间发生了新的龃龉，影响了直军的情绪，同时因左右两翼的军队不能像中路那么神速，配合不上，所以吴军也不敢孤军深入。
南军方面并不因为北军攻势迟缓而反攻，相反的，从4月下旬起，桂系又将大部分桂军撤回广东，谭浩明也于22日离开衡阳到永州，这显示出桂系的不抵抗政策。湘军因为桂系撤退，也只有急速后撤。23日程潜离开衡阳，24日直军兵不血刃进驻衡阳。
担任左翼进攻的第二路军被胜利冲昏了头脑，认为只要前进就会胜利，因此本来进军极慢，也改变为快攻急进，果然垂手而得醴陵、攸县，张怀芝忘了穷寇莫追是兵家的大忌，他们的前进，使到湘军撤退不及，桂系也怕北军穷追不舍。因此4月26日湘军赵恒惕、刘建藩部对跟踪而来的北军予以反击，已经向韶关退却的桂军马济部，也迅速调回来接应湘军。湘军只有3000人，桂军也只有1万人，北军第二路军却有两万多人，正在乘胜直进的锐气上，不料赵恒惕的湘桂军竟发动反攻，一举而收复攸县，再举而克醴陵，张怀芝部大将施从滨仓皇遁逃，赵军与北兵激战黄土岭，痛歼北兵，鲁军第一师向长沙逃窜，苏军第六混成旅和安武军向萍乡逃窜，彼此各不相顾。沿途把湖南老百姓当做南军便衣队，不分青红皂白，烧杀抢掠，无所不为。从攸县、醴陵一直到株州、易家湾，变成了一座烟雾弥漫的火海。
北军左翼张怀芝部在湘东的大败，震动了长沙。张敬尧紧急应变，派第七师补充第二团的兵士代行警察职务，以该团团长佟国安兼任警察厅长，又成立全省侦探处，雇用大批鹰犬搜查南军间谍，滥捕滥杀，严刑拷打。长沙变成了恐怖世界。尤其是晚间，张敬尧部借口搜查乱党，擅入民家，敲诈勒索，无所不为，只要见到女人，不问青红皂白，就当作花姑娘奸淫。
长沙中产以上的家庭都远走高飞，中产以下的则躲去乡下。张敬尧竟厚颜无耻地吹说第七师纪律严明，秋毫无犯，是仁者之师。不许人民控诉北军不法行为，否则就认为是南军派来的间谍。长沙的地方报纸对北军暴行也不敢正面揭露，不过都用一种隐射方式，报导口操异音的痞徒如何如何不法。使读者一望而知是北军。
张敬尧的统治，对湖南人而言，比诸汤芗铭时代还要恐怖，湖南民性强悍，民风淳厚，想不到民国初年竟连遭浩劫。
北军在湖南大败时，张敬尧乃接二连三地向北京政府请援，这时，如果桂系肯出全力协助湘军反攻，从左右两翼采取钳形攻势向长沙进攻，收复长沙的可能性是很大的。这样一来，衡阳方面的北军吴佩孚部形成突出，也不得不迅速撤退。不过这一来南北两军便要在长沙地区进行主力决战，而桂系却不愿主力决战，因此他们对北军第二路军予以打击后，立即把支援湘军的部队撤回。
北军为了应援张敬尧，在汉口的徐树铮乃派奉军司令郭芬率领一旅一团迅速增援湘东，直军也从衡阳调兵回援湘东，所以湘军在反攻大胜之后又急速向南撤退，5月1日湘军刘建藩在株州渡河时失足落水溺死。
张怀芝很可笑，在湘东大败后，他便张皇失措地由萍乡退往樟树镇，又由樟树镇退到汉口。他宣称旧病复发，又称山东地方土匪猖獗，必需赶回去，他打电报给段，保举徐树铮率领奉军接防湘东，出任第二路司令。徐树铮志不在前线，所以坚决不就，他又保举张敬尧或是陈光远，甚至由曹锟一人身兼一二两路司令。他的求去有两个原因，第一是在前线打仗没有把握，第二是他怕他的老窠被别人抢去，因为他离开山东后，便由第五师师长张树元护理山东督军。北洋军阀都是先护理然后真除，张树元自然不愿意张怀芝再回任，张怀芝则身在前线心在山东，恨不得立刻插翅回鲁，这也是他坚决求去的原因。
段祺瑞觉得在这个时候前线易帅很没有面子，同时也找不出适当的人来接替第二路司令，因此以国务院名义向他提出了一个保证：“鲁督决不易人”。同时保证如果第二路兵力不敷时，可以继续派兵增援，希望他立即由汉口前往江西主持军事。
自从湘东一战之后，北军不敢深入，南军也不敢反攻，湖南战场上突然由热战冷静了下来。
当北军进攻湖南的同时，段内阁命令江西督军陈光远、福建督军李厚基开辟两个战场进攻广东。陈光远虽是主和派，可是大势所趋，也不得不追随主战派出兵。江苏督军李纯派第十九师师长杨春普率部开到江西，陈光远也派赣南镇守使吴鸿昌进攻南雄。守南雄的南军是滇军张开儒，他不战而退，桂系莫荣新乃派李根源为粤赣湘边防督办，以加强对北江的滇军的控制。从4月下旬起，南雄进行了好几度的拉锯战，但都不是激烈的战争。因为陈光远的目的只在应付主战派而并没有积极地进攻。
闽粤边境也没有重大的发展，段内阁派福建督军李厚基为援粤军总司令，并调浙军第一师师长童葆暄为副司令。4月26日李厚基到厦门设立司令部，浙军集中诏安与陈炯明的粤军相距只有十余里，诏安、云霄、平和等县都宣布了军事戒严令。这方面的北军和浙江原来是准备和广东境内的龙济光军配合作战，由于龙军一蹶不振，李厚基不敢单独作战，所以也成为僵持之局。
本来，在南军方面，桂系和滇军约定，共同消灭龙济光军，推李烈钧为讨龙军总指挥，西路高雷、钦廉一带归桂军负责，东路沿海地区归滇军负责，3月22日滇军攻克阳江，4月12日占领电白，25日进入化州，27日夺回龙军的根据地廉江，28日李烈钧由江门回到广州，29日督署举行讨龙祝捷大会，南军讨龙之战就算告一段落。
徐树铮在当时是一个忙人，既要一手包办新国会的选举，又要主持对南军事，因此经常往来于北京、汉口之间。由于主战派两个大将忽然变卦不听调度，他打算单独依靠奉军，停止援川计划，在汉口设立一个奉军前敌总指挥部，把张作霖承认调出来的六个混成旅全部摆在湖南战场上。5月9日他派奉军第二十七师师长孙烈臣、第二十八师师长汲金纯、第二十九师师长吴俊升到长沙，布置奉军入湘作战。5月24日，他又从北京赶回汉口来督促进行。但是这个计划引起了直（曹锟）、鲁（张怀芝）两军的极大反感，因此他们厌战的情绪更高。同时，这个计划又出人意料地引起了张作霖的反感。张作霖出兵是另有目的的，把入关奉军全部摆在战场上，显然与他的目的不相符合；他更不能容忍徐树铮公然视奉军为己有而任意加以调度，因此他召回了三个奉军师长，并且借口边防吃紧要调回已经开到湘东的奉军。
但是小徐并不因此而气馁。5月26日他由汉口到长沙，27日又到衡阳亲自与吴佩孚打交道。他认为吴佩孚是一个真正打手，曹锟不过坐享其成，如果把吴佩孚拉过来，曹锟就成为一个无足轻重的角色了。
6月1日，徐匆匆由前方赶回北京来，向段建议加紧笼络吴佩孚以拆曹锟的台。段深以为然，立刻与吴直接通电话以示优异——内阁总理从来是很少和一个师长直接通电话的。6月3日北京政府任命吴佩孚为“孚威将军”。将军虽是一个有名无实的头衔，但在官制上是“特任”级，与督军并行，一个手握实权的军人加上这个头衔，就是候补督军，与督军下台后被任为将军的作用完全不同。
但是这次安抚的工作并没有收到预期的效果，吴佩孚到了衡阳之后（4月25日），就再也不向前进兵。6月15日，他和湘军（谭延闿、赵恒惕）成立了停战协定，8月7日发表了致李纯的阳电，大肆攻击段内阁的亲日政策，8月21日，再发表致冯国璋的马电，竟公然喊出“息战御侮”的口号来了。
吴佩孚态度之转变有好几个原因：一、士兵久战疲惫，事实上，不能再向南深入。二、湖南战争本是他的首功，督军却被张敬尧抢去，未免使他怨恨。三、国内反对内战，反对亲日（西原借款，已有好几笔交易成功，中日陆军共同防敌军事协定，也于5月16日签字）的气氛，日益浓厚，主战派的内部也在自生矛盾。四、国际上则英美在欧战尾声中，逐渐恢复对东方的干涉，正在努力扶助反段的力量，以抵抗段系背后的日本。五、最后和最重要的是，在南方已由滇桂两系军阀捧出岑春煊为军政府主席总裁（5月20日），对北方求和的心理比以前更加迫切。而吴佩孚和桂系已经建立了秘密联盟，企图利用这个联盟，来提高他的地位。
徐树铮赴衡阳访吴佩孚时，吴请他吃饭，饭后在院子里一个大金鱼缸边密谈，谈得十分投机。徐树铮乃作了一首衡州谣赠吴：
“我来衡州城，我歌衡州谣。衡州湘江流滔滔，衡州之民乐敖敖。民尔乐何如，被颊泪如雨。吾将陈吾乐，请先忆吾苦。吾本乡老农，爇稻且灌圃。生计殊不恶，小康慰儿女。一朝烽火惊连天，东粤西粤兵器缠。湘中魁杰遍地起，缚籞举义声相牵。问其何所事？抗大府命梗且顽。察其何所行？大队勒输养兵钱，小队卤略及豚鲜。长男促去随贼官，小女走匿托亲缘。老妻泣涕垂涟涟，挟其幼子栖深山。自从去年来，日夕那得安。久闻群贼相戒语，吴公兵来势莫御。吴公何人吾不知，但盼将军自天下。群鸦暮噪啄人肉，吴公破贼何神速。痴虏膏血被原野，黠者弃城遁荒谷。斩首或迫奔降贷死，吴公之来为民福。马前瞻拜识公貌，恂恂乃作儒者服。闾巷无复夜叩门，军令如山静不纷。流亡略已远墟邑，安业犹能庇所亲。吾男被坏死郊外，陷身为贼亦何怪。妻女生归绕膝行，人间此乐得难再。吴公爱民如爱军，与爱赤子同殷勤。吴公治军如治民，情感信藉由天真。在军整暇不自逸，雍容雅度尤无匹。静坐好读易，天人忧患通消息。起居有常礼，戟门厮卒娴容止。笔千管，墨万锭，看公临池发逸兴。香一缕，酒盈扈，时复弹琴自咏诗。老民幼尝事书史，古今名将谁及兹。昔祝吴公来，今恐吴公去。愿以寇君借一年，悃悃此情为谁诉？为谁诉？留公住！吁嗟吴公尔来何暮。”
徐树铮虽然很会耍政治，可是这次却是徒劳无功，他在衡阳和吴谈得非常投机，答应补助吴若干军费，以及发表吴的孚威将军名义，以交换吴佩孚的完全听命。却不料衡阳密谈这一幕竟被曹锟知道了，大发光火，认为徐树铮竟收买他的部下，立刻提出严重的质问。而吴佩孚则以为是徐树铮故意泄漏以使曹锟不耻于吴，使自己无法做人，所以也一下子就翻了脸。
